Onderzoeker
Katleen De Preter
- Trefwoorden:computationele deconvolutie, biomerker studies, genomica, vloeibare biopten, 'single' cel analyse, DNA en RNA sequenering, bioinformatica
- Disciplines:Genomics, Medische metagenomics, Medische genomics, Medische epigenomics, Kankerdiagnose, Kankerbiologie, Moleculaire diagnostiek
Affiliaties
- Vakgroep Biomoleculaire Geneeskunde (Departement)
Lid
Vanaf1 okt 2018 → Heden - Vakgroep Pediatrie en genetica (Departement)
Lid
Vanaf1 okt 2000 → 30 sep 2018
Projecten
1 - 10 of 17 results
- Een snelle, minimaal-invasieve en betaalbare test voor accurate diagnose van 'CUP' (Cancer of Unknown Primary: metastatische kanker van onbekende oorsprong) door bepaling van het DNA methylatie profiel.Vanaf1 nov 2020 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- Niet-invasieve predictie van immuuntherapie respons bij longkankerpatiëntenVanaf1 okt 2020 → HedenFinanciering: VZW en equivalenten
- Ontwikkeling van een niet-invasieve test voor het voorspellen van immuuntherapie respons bij longkankerVanaf1 okt 2020 → HedenFinanciering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- Niet-invasieve predictie van immuuntherapie respons voor longkanker patiëntenVanaf1 nov 2019 → HedenFinanciering: BOF - projecten
- beurs Amber Louwagie: SOX11 gecontroleerde SWI / SNF combinatorische assemblage en neuroblastoom super-enhancer landschapsarchitectuurVanaf1 okt 2018 → 30 sep 2019Financiering: Stichtingen, fondsen e.d. met wetenschappelijk oogmerk
- Expressieprofilering van individuele neuroblastoomcellen in de zoektocht naar behandelingsmogelijkheden voor chemoresistente ziekteVanaf1 okt 2017 → HedenFinanciering: FWO mandaten
- Niet-invasieve medicatie-identificatie voor tumoren (NIDIT): een hulpmiddel voor precisiek oncologieVanaf1 okt 2017 → HedenFinanciering: VZW en equivalenten
- Ontwikkeling van een data-analyse pijplijn voor drug doelwit identificatie uit het circulerend transcriptoom van longtumor patiënten.Vanaf1 jan 2017 → 15 feb 2020Financiering: BOF - Nieuwe Onderzoeksinitiatieven
- Differentiële netwerk methoden voor het onderscheiden van neuroblastoma subtypes.Vanaf1 okt 2015 → 30 sep 2019Financiering: FWO mandaten
- Het Neuroblastoma 17Q enigma: gebruik van zebravis modelering omde coöperatieve rol van 17Q genen in MYCN gedreven tumor formatiete bestuderenVanaf1 jan 2015 → 31 dec 2020Financiering: FWO Onderzoeksproject
Publicaties
1 - 10 of 207 results
- Recurrent chromosomal imbalances provide selective advantage to human embryonic stem cells under enhanced replicative stress conditions(2021)
Auteurs: Liselot Mus, Stéphane Van Haver, Mina Popovic, Wim Trypsteen, Steve Lefever, Nadja Zeltner, Yudelca Ogando, Eva Jacobs, Geertrui Denecker, Ellen Sanders, et al.
Pagina's: 272 - 281 - SOX11 as guardian of epigenetic plasticity in neuroblastoma(2021)
Auteurs: Bieke Decaesteker, Amber Louwagie, Siebe Loontiens, Sara De Brouwer, Carolina de Carvalho Nunes, Geertrui Denecker, Fanny De Vloed, Lisa Depestel, Juliette Roels, Karen Verboom, et al.
Aantal pagina's: 1 - Benchmarking of cell type deconvolution pipelines for transcriptomics data(2020)
Auteurs: Francisco Avila Cobos, José Alquicira-Hernandez, Joseph E. Powell, Pieter Mestdagh, Katleen De Preter
Aantal pagina's: 1 - The ETS transcription factor ETV5 is a target of activated ALK in neuroblastoma contributing to increased tumour aggressiveness(2020)
Auteurs: Liselot Mus, Irina Lambertz, Shana Claeys, Candy Kumps, Wouter Van Loocke, Christophe Van Neste, Ganesh Umapathy, Marica Vaapil, Christoph Bartenhagen, Genevieve Laureys, et al.
Aantal pagina's: 1 - Minimally invasive classification of pediatric solid tumors using reduced representation bisulfite sequencing of cell-free DNA(2020)Volume: 26
Auteurs: Ruben Van Paemel, Andries De Koker, Charlotte Vandeputte, Lieke Van Zogchel, Tim Lammens, Genevieve Laureys, Joke Vandesompele, Gudrun Schleiermacher, Matthieu Chicard, Nadine Van Roy, et al.
Pagina's: 93 - 93 - Distinct Notch1 and BCL11B requirements mediate human U+03B3U+03B4/U+03B1U+03B2 T cell development(2020)
Auteurs: Anne-Catherine Dolens, Kaat Durinck, Marieke Lavaert, Joni Van der Meulen, Imke Velghe, Jelle De Medts, Karin Weening, Juliette Roels, Katrien De Mulder, Pieter-Jan Volders, et al.
Aantal pagina's: 1 - When DNA gets in the way : a cautionary note for DNA contamination in extracellular RNA-seq studies(2020)
Auteurs: Jasper Verwilt, Wim Trypsteen, Ruben Van Paemel, Katleen De Preter, MD Giraldez, Pieter Mestdagh, Joke Vandesompele
Pagina's: 18934 - 18936 - The pitfalls and promise of liquid biopsies for diagnosing and treating solid tumors in children : a review(2020)
Auteurs: Ruben Van Paemel, ROSALIE VLUG, Katleen De Preter, Nadine Van Roy, Franki Speleman, Leen Willems, Tim Lammens, Genevieve Laureys, Gudrun Schleiermacher, Godelieve AM Tytgat, et al.
Pagina's: 191 - 202 - SOX11 as mediator of the adrenergic cell state in NB(2019)
Auteurs: Bieke Decaesteker, Amber Louwagie, Sara De Brouwer, Volodimir Olexiouk, Geertrui Denecker, Carolina de Carvalho Nunes, Karen Verboom, Moritz Gartlgruber, Wouter Van Loocke, Elena Afanasyeva, et al.
Aantal pagina's: 1 - Benchmarking the impact of data transformation, pre-processing and choice of method in the computational deconvolution of transcriptomics data(2019)
Auteurs: Francisco Avila Cobos, José Alquicira-Hernandez, Joke Vandesompele, Joseph Powell, Pieter Mestdagh, Katleen De Preter
Aantal pagina's: 1