SpatialConnect: het connecteren van weefselbiologie met de spatiale genexpressie per individuele cel (SpatialConnect)

De nieuwe “single-cell” technologie laat toe om van elke individuele cel in een orgaan het genetisch profiel te bepalen. Op die manier werden recent nieuwe celtypes en cel activatie statussen ontdekt in bepaalde ziekten of tijdens bepaalde fasen van weefselontwikkeling. Deze technieken worden echter uitgevoerd op cel suspensies, waardoor geen ruimtelijke informatie wordt verschaft. Om de biologie te kunnen doorgronden is het echter essentieel om te verstaan waar cellen zich bevinden. Voor elk celtype, in elk species, is het belangrijk om te weten welke andere cellen de micro-omgeving vormen van onze cel van interesse. De locatie van cellen wordt typisch bepaald aan de hand van fluorescente antilichamen en microscopie. Jammer genoeg zijn er voor veel cellen geen geschikte antilichamen beschikbaar. Gelukkig laten spatiale transcriptomics technieken tegenwoordig toe om de ruimtelijke expressie van meerdere RNA moleculen simultaan te bepalen. Omdat deze methodologie gebaseerd is op universele RNA detectie, is dit toepasbaar voor elk species: op weefsel van mensen, zoogdieren en planten. De volgende uitdaging in single-cell biologie is dus het bepalen van de exacte locatie van elk celtype, om uiteindelijk de volledige weefsel architectuur en de specifieke cel-cel interacties van elk orgaan in kaart te kunnen brengen. Met SpatialConnect zullen we een geavanceerde infrastructuur voor spatiale transciptomics analyse bouwen aan de Universiteit Gent.