Onderzoeker
Katleen De Preter
- Trefwoorden (Ghent University):computationele deconvolutie, biomerker studies, genomica, vloeibare biopten, 'single' cel analyse, DNA en RNA sequenering, bioinformatica
- Disciplines (Flanders Institute for Biotechnology):Analytische biochemie, Celdood en senescentie, Analyse van next-generation sequence data, Algemene diagnostiek
- Disciplines (Ghent University):Genomics, Medische metagenomics, Medische genomics, Medische epigenomics, Kankerdiagnose, Kankerbiologie, Moleculaire diagnostiek
Affiliaties
- De Preter Lab (Onderzoeksgroep)
Verantwoordelijke
Vanaf25 okt 2022 → Heden - Vakgroep Biomoleculaire Geneeskunde (Departement)
Lid
Vanaf1 okt 2018 → Heden - Vakgroep Pediatrie en genetica (Departement)
Lid
Vanaf1 okt 2000 → 30 sep 2018
Projecten
1 - 10 of 19
- Een pragmatische klinische studie van SIOPEN om neuroblastoma terugval te monitoren met vloeibare biopsieVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: HORIZON.2.1 - Gezondheid
- Universeel, kosten-effectief open-source technologieplatform voor lichaamsvloeistof-biopsie met hoge gevoeligheid, gebaseerd op het profileren van het methyloom van circulerend DNA.Vanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: BOF - projecten
- NIPITplus, een multi-kanker bloed test om immuun checkpoint inhibitie respons te voorspellen en toxiciteit te monitorenVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: Stichtingen, fondsen e.d. met wetenschappelijk oogmerk
- Opvolgen van epigenetische plasticiteit in circulerend tumor DNA met het oog op monitoren van therapie resistentie voor gepersonaliseerde behandeling in kanker patiëntenVanaf1 sep 2022 → 31 dec 2022Financiering: HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
- SpatialConnect: het connecteren van weefselbiologie met de spatiale genexpressie per individuele celVanaf1 mei 2022 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
- Replicatievork protectiefactoren als nieuwe doelwitten voor ombinatietherapie en immunomodulering (REINFORCE)Vanaf1 jan 2022 → HedenFinanciering: BOF - projecten
- DNA methylatie in Common Variable Immunodeficiencies (CVID): een gedetailleerde studie naar DNA methylatie heterogeniteit en relatie met ziekte klassificatieVanaf1 nov 2021 → HedenFinanciering: FWO mandaten
- Predictie van immuuntherapie response en toxiciteit in melanoom, nier- en longkanker door een transcriptoom gebaseerde immuun profilering.Vanaf1 nov 2021 → HedenFinanciering: FWO mandaten
- Ontwikkeling van een minimaal-invasieve test voor accurate diagnose van CUP ("Cancer of Unknown primary") door bepaling van het DNA methylatie profielVanaf1 okt 2021 → HedenFinanciering: BOF - projecten
- Een snelle, minimaal-invasieve en betaalbare test voor accurate diagnose van 'CUP' (Cancer of Unknown Primary: metastatische kanker van onbekende oorsprong) door bepaling van het DNA methylatie profiel.Vanaf1 nov 2020 → 31 okt 2022Financiering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
Publicaties
21 - 30 van 66
- Benchmarking the impact of data transformation, pre-processing and choice of method in the computational deconvolution of transcriptomics data(2019)
Auteurs: Francisco Avila Cobos, José Alquicira-Hernandez, Jo Vandesompele, Joseph Powell, Pieter Mestdagh, Katleen De Preter
Aantal pagina's: 1 - RNA-based liquid biopsies for better clinical management of Barrett’s esophagus and esophageal adenocarcinoma(2019)
Auteurs: Kathleen Schoofs, Annouck Philippron, Philippe Nafteux, Lieven Depypere, Piet Pattyn, Jo Vandesompele, Katleen De Preter
Aantal pagina's: 1 - ALK positively regulates MYCN activity through repression of HBP1 expression(2019)
Auteurs: Shana Claeys, Geertrui Denecker, Kaat Durinck, Bieke Decaesteker, Liselot Mus, Siebe Loontiens, Suzanne Vanhauwaert, Kristina Althoff, Caroline Wigerup, Daniel Bexell, et al.
Pagina's: 2690 - 2705 - Searching for liquid RNA biomarkers for esophageal adenocarcinoma(2019)
Auteurs: Kathleen Schoofs, Annouck Philippron, Philippe Nafteux, Lieven Depypere, Piet Pattyn, Jo Vandesompele, Katleen De Preter
Aantal pagina's: 1 - DREAM target reactivation by core transcriptional regulators supports neuroblastoma growth(2019)
Auteurs: Bieke Decaesteker, Katleen De Preter
- Data Descriptor: Meta-mining of copy number profiles of high-risk neuroblastoma tumors(2018)
Auteurs: Pauline Depuydt, J Koster, V Boeva, TD Hocking, Franki Speleman, G Schleiermacher, Katleen De Preter
- Promoter-associated proteins of EPAS1 identified by enChIP-MS : a putative role of HDX as a negative regulator(2018)
Auteurs: Arash Hamidian, Marica Vaapil, Kristoffer von Stedingk, Toshitsugu Fujita, Camilla U Persson, Pontus Eriksson, Srinivas Veerla, Katleen De Preter, Franki Speleman, Hodaka Fujii, et al.
Pagina's: 291 - 298 - LDHA in neuroblastoma is associated with poor outcome and its depletion decreases neuroblastoma growth independent of aerobic glycolysis(2018)
Auteurs: Carmen Dorneburg, Matthias Fischer, Thomas FE Barth, Wolfgang Mueller-Klieser, Barbara Hero, Judith Gecht, Daniel R Carter, Katleen De Preter, Benjamin Mayer, Lisa Christner, et al.
Pagina's: 5772 - 5783 - LDHA predicts poor survival in neuroblastoma and its depletion causes aerobic glycolysis-independent inhibition of neuroblastoma cells(2018)Volume: 65
Auteurs: C Dorneburg, M Fischer, TFE Barth, W Mueller-Klieser, B Hero, J Gecht, DR Carter, Katleen De Preter, Franki Speleman, GM Marshall, et al.
Pagina's: S238 - S238 - The extracellular RNA quality control (exRNAQC) study : controlling pre-analytical variables of RNA sequencing in blood-based precision medicine(2018)
Auteurs: Francisco Avila Cobos, Anneleen Decock, Katleen De Preter, Bert Dhondt, Olivier De Wever, Bram De Wilde, Celine Everaert, Carolina Fierro, Hetty Helsmoortel, An Hendrix, et al.
Aantal pagina's: 1