Onderzoeker
Pieter Mestdagh
- Trefwoorden:RNA, kanker, Transcriptoomanalyse, niet-coderend RNA
- Disciplines:Analyse van next-generation sequence data, Kankerdiagnose, Kankertherapie, Moleculaire diagnostiek, Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Computationele transcriptomics en epigenomics, Bio-informatica van ziekten, Bio-informatica data-integratie en netwerkbiologie, Kankerbiologie, Transcriptie en translatie, Epigenetica, Genoomstructuur en -regulatie, Genetica
Affiliaties
- Vakgroep Biomoleculaire Geneeskunde (Departement)
Lid
Vanaf1 okt 2018 → Heden - Vakgroep Pediatrie en genetica (Departement)
Lid
Vanaf1 okt 2006 → 30 sep 2018
Projecten
1 - 10 of 38
- Plasma cell vrij RNA biomerker tail genen voor screenen en opvolgen van kankerpatiëntenVanaf15 okt 2023 → HedenFinanciering: IOF - technologie concept exploratie
- Verhoging van de investeringswaarde van de IOF programma's CRISParray en Amalus: CRISPRi-gebaseerde opheldering van het moleculaire target van fibroblastmodulatorenVanaf15 jul 2023 → HedenFinanciering: IOF - technologie validatie in labo
- Integratie van moleculaire en cellulaire fenotypes: optimalisatie van RNA-seq en high content microscopy voor het CRISParray platformVanaf1 mei 2023 → HedenFinanciering: IOF - technologie concept exploratie
- Een nieuw foto-elektrochemisch singlet zuurstof gebaseerd detectieplatform voor een panel van kankerbiomerkers in weefsel- en vloeibare biopsieën (SOCAN)Vanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: BOF - iBOF
- Identificatie van lange niet-coderende RNAs die T-cell activatie modulerenVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: Stichtingen, fondsen e.d. met wetenschappelijk oogmerk
- Lange niet-coderende RNAs betrokken in de regulatie van tumor immunogeniciteitVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Incucyte S3: Uitgebreide cellulaire fenotypering met behulp van hoge doorvoer live-cel beeldvormingVanaf15 dec 2022 → HedenFinanciering: BOF - wetenschappelijk apparatuurprogramma
- Functionele studie van een nieuwe, lange niet-coderende RNA (lncRNA) upstream van ABCA4 in de retina en in blindheidVanaf1 nov 2022 → HedenFinanciering: BOF - doctorale mandaten
- In kaart brengen en verstoren van interactie sites van het lange niet-coderende RNA NESPR in neuroblastoomVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: BOF - postdoctorale mandaten
- CRISParray: medicijnen sneller ontdekken door uitgebreide cellulaire en moleculaire fenotyperingVanaf1 aug 2022 → HedenFinanciering: IWT /VLAIO persoonsgebonden financ. - innovatiemandaten
Publicaties
1 - 10 van 261
- Direct lysis of 3D cell cultures for RT-qPCR gene expression quantification(2023)
Auteurs: Fien Gysens, Lisa Ostyn, Ellen Goeteyn, Eva Blondeel, Justine Nuytens, Olivier De Wever, Eric de Bony de Lavergne, Aurélie Crabbé, Pieter Mestdagh
- Blocking abundant RNA transcripts by high-affinity oligonucleotides during transcriptome library preparation(2023)
Auteurs: Celine Everaert, Jasper Verwilt, Kimberly Verniers, Niels Vandamme, Alvaro Marcos Rubio, Jo Vandesompele, Pieter Mestdagh
- Benchmarking blood collection tubes and processing intervals for extracellular vesicle performance metrics(2023)
Auteurs: Edward Geeurickx, Joeri Tulkens, Glenn Vergauwen, Edwin Van Der Pol, Rienk Nieuwland, Ilkka Miinalainen, Pekka Rappu, Gary Schroth, Scott Kuersten, Pieter Mestdagh, et al.
- Performance evaluation of RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control (exRNAQC) study(2023)
Auteurs: Anneleen Decock, Olivier De Wever, Celine Everaert, Hetty Helsmoortel, An Hendrix, Pieter Mestdagh, Annelien Morlion, Jo Vandesompele, Ruben Van Paemel, Francisco Avila Cobos, et al.
Aantal pagina's: 1 - Performance evaluation of RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control (exRNAQC) study(2023)
Auteurs: Anneleen Decock, Olivier De Wever, Celine Everaert, Hetty Helsmoortel, An Hendrix, Pieter Mestdagh, Annelien Morlion, Jo Vandesompele, Ruben Van Paemel, Francisco Avila Cobos, et al.
Aantal pagina's: 1 - Artifacts and biases of the reverse transcription reaction in RNA sequencing(2023)
Auteurs: Jasper Verwilt, Pieter Mestdagh, Tom Cech
Pagina's: 889 - 897 - Dramatic impact of blood collection tube and RNA purification method on extracellular RNA transcriptomes(2023)
Auteurs: Jasper Anckaert, Francisco Avila Cobos, Anneleen Decock, Philippe Decruyenaere, Jill Deleu, Katleen De Preter, Olivier De Wever, Jilke De Wilde, Bert Dhondt, Thibaut D'huyvetter, et al.
Aantal pagina's: 1 - Open problems in extracellular RNA data analysis : insights from an ERCC online workshop(2022)
Auteurs: Roger P. Alexander, Robert R. Kitchen, Juan Pablo Tosar, Matthew Roth, Pieter Mestdagh, Klaas E. A. Max, Joel Rozowsky, Karolina Elzbieta Kaczor-Urbanowicz, Justin Chang, Leonora Balaj, et al.
- A 3′‐end capture sequencing method for high‐throughput targeted gene expression profiling(2022)
Auteurs: Eric de Bony de Lavergne, Fien Gysens, Nurten Yigit, Jasper Anckaert, Celine Everaert, Eveline Vanden Eynde, Kimberly Verniers, Willem van Snippenberg, Wim Trypsteen, Pieter Mestdagh
- Reliable and scalable SARS-CoV-2 qPCR testing at a high sample throughput : lessons learned from the Belgian initiative(2022)
Auteurs: Steven Van Vooren, James Grayson, Marc Van Ranst, Elisabeth Dequeker, Lies Laenen, Reile Janssen, Laurent Gillet, Fabrice Bureau, Wouter Coppieters, Nathalie Devos, et al.
Patenten
1 - 9 van 9
- Inhibition of a lncRNA for treatment of neuroblastoma (Inventor)
- Inhibition of a lncRNA for treatment of melanoma (Inventor)
- Combinations of therapeutic agents for treating uveal melanoma (Inventor)
- Biomarkers for disease burden of neuroblastoma (Inventor)
- Usages of recombinant extracellular vesicles (Inventor)
- Inhibition of a lncRNA for treatment of neuroblastoma (Inventor)
- Biomarkers for disease burden of neuroblastoma (Inventor)
- Usages of recombinant extracellular vesicles (Inventor)
- Inhibition of a lncRNA for treatment of melanoma (Inventor)