Onderzoeker
Filip Van Nieuwerburgh
- Trefwoorden:Massively parallel sequencing, Toegepaste bio-informatica
- Disciplines:Farmogenetica en -genomica, Genetica, Epigenetica, Immunogenetica
Affiliaties
- Vakgroep Geneesmiddelenleer (Departement)
Lid
Vanaf1 sep 1999 → Heden
Infrastructuur
1 - 1 van 1
- PromethION: nanopore sequencer met hoge doorvoer voor DNA en RNA sequenering met lange leeslengte. (Consortium coordinator)
Projecten
11 - 20 of 26
- PromethION: nanopore sequencer voor DNA en RNA sequenering met lange leeslengte, hoge betrouwbaarheid, en hoge, flexibele, real-time doorvoer om een snelle decodering van (epi)genomen en (epi)transcriptomen mogelijk te makenVanaf1 mei 2020 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
- Covid-Track: toepassing van kwantitatieve virologie en single cell genomics om de interacties tussen virus en gastheer te ontrafelen die leiden tot ernstige immunologisch gemedieerde ziekte bij COVID-19-patiëntenVanaf15 apr 2020 → 14 apr 2021Financiering: BOF - projecten
- Identificatie van adaptatiemechanismen die in bacteriële biofilms aanleiding geven tot verminderde antibioticumgevoeligheid d.m.v. experimentele evolutie en machine learning.Vanaf1 jan 2020 → HedenFinanciering: BOF - projecten
- Onderzoek naar extracellulaire RNA-signalen en hun rol in antivirale immuniteit bij insectenVanaf1 jan 2019 → 31 dec 2022Financiering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Lab-on-a-Chip (LoC) voor forensische STR-profilering.Vanaf1 okt 2018 → 30 sep 2022Financiering: BOF - Nieuwe Onderzoeksinitiatieven
- PromethION: nanopore sequencer voor DNA en RNA sequenering met lange leeslengte en hoge doorvoer voor snelle decodering van (epi)genomen en (epi)transcriptomenVanaf1 jun 2018 → 31 mei 2020Financiering: BOF - Andere acties
- Isolatie en karakterisatie van foetale cellen voor cel-gebaseerde niet-invasieve prenatale genetische diagnoseVanaf1 okt 2017 → 30 sep 2021Financiering: BOF - Nieuwe Onderzoeksinitiatieven
- Studie van de interacties tussen het hepatitis E virus en zijn gastheerVanaf1 okt 2017 → 30 sep 2021Financiering: BOF - Nieuwe Onderzoeksinitiatieven
- Expertisecentrum voor Sequenering (Life Sciences)Vanaf1 feb 2017 → 30 nov 2022Financiering: BOF - Nieuwe Onderzoeksinitiatieven
- Isolatie en karakterisatie van foetale cellen voor cel gebaseerde niet-invasieve prenatale genetische diagnose.Vanaf1 jan 2017 → 31 okt 2022Financiering: BOF - Nieuwe Onderzoeksinitiatieven
Publicaties
1 - 10 van 274
- Applications of nanopore sequencing for forensic analysis(2024)
Auteurs: Olivier Tytgat, Filip Van Nieuwerburgh
Pagina's: 85 - 98 - Osteopontin characterizes bile duct-associated macrophages and correlates with liver fibrosis severity in primary sclerosing cholangitis(2024)
Auteurs: Kevin De Muynck, Lander Heyerick, Federico Francesco De Ponti, Bart Vanderborght, Tim Meese, Sanne Van Campenhout, Leen Baudonck, Eva Gijbels, Pedro M. Rodrigues, Jesus M. Banales, et al.
Pagina's: 269 - 288 - Post-feeding transcriptomics reveals essential genes expressed in the midgut of the desert locust(2023)
Auteurs: Joachim Van Lommel, Michiel Holtof, Laurentijn Tilleman, Dorien Cools, Seppe Vansteenkiste, Daria Polgun, Rik Verdonck, Filip Van Nieuwerburgh, Jozef Vanden Broeck
- Single-cell profiling identifies a novel human polyclonal unconventional T cell lineage(2023)
Auteurs: Lore Billiet, Laurenz De Cock, Guillem Sanchez Sanchez, Rupert Mayer, Glenn Goetgeluk, Stijn De Munter, Melissa Pille, Joline Ingels, Hanne Jansen, Karin Weening, et al.
- New insights into the combined toxicity of aflatoxin B1 and fumonisin B1 in HepG2 cells using Seahorse respirometry analysis and RNA transcriptome sequencing(2023)
Auteurs: Xiangrong Chen, Mohamed Fathi Abdallah Abdelmohsen, Charlotte Grootaert, Filip Van Nieuwerburgh, Andreja Rajkovic
- Targeted haplotyping in pharmacogenomics using Oxford Nanopore Technologies' adaptive sampling(2023)
Auteurs: Koen Deserranno, Laurentijn Tilleman, Kaat Rubben, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh
- Comparative transcriptomics of porcine liver-resident CD8αdim, liver CD8αhigh and circulating blood CD8αhigh NK cells reveals an intermediate phenotype of liver CD8αhigh NK cells(2023)
Auteurs: Leen Hermans, Sofie Denaeghel, Robert J. J. Jansens, Steffi De Pelsmaeker, Filip Van Nieuwerburgh, Dieter Deforce, Everardo Hegewisch-Solloa, Emily M. Mace, Eric Cox, Bert Devriendt, et al.
- Dynamics of training and acute exercise-induced shifts in muscular glucose transporter (GLUT) 4, 8, and 12 expression in locomotion versus posture muscles in healthy horses(2023)
Auteurs: Carmen Vidal Moreno de Vega, Diete Lemmens, Constance de Meeus d'Argenteuil, Berit Boshuizen, Lorie De Maré, Luc Leybaert, Klara Goethals, Jean Eduardo de Oliveira, Guilherme Hosotani, Dieter Deforce, et al.
- Identification and profiling of a novel Bombyx mori latent virus variant acutely infecting Helicoverpa armigera and Trichoplusia ni(2023)
Auteurs: Thomas-Wolf Verdonckt, Anton Bilsen, Filip Van Nieuwerburgh, Loes De Troij, Dulce Santos, Jozef Vanden Broeck
- Cathepsin-L secreted by high-quality bovine embryos exerts an embryotrophic effect in vitro(2023)
Auteurs: Annelies Raes, Eline Wydooghe, Krishna Pavani, Osvaldo Américo Bogado Pascottini, Katleen Van Steendam, Maarten Dhaenens, Sonia Heras, Luc Peelman, Dieter Deforce, Filip Van Nieuwerburgh, et al.
Patenten
1 - 2 van 2
- Hydrolysis-based probe and method for STR genotyping (Inventor)
- Probe and method for STR-genotyping (Inventor)