< Terug naar vorige pagina

Organisatie

Proteïnechemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie (PPES) (T_PPES)

Research Group

Tijdsduur:1 okt 2003  →  Heden
Organisatieprofiel:De cluster Eiwitchemie, proteoomanalyse en epigenetische signalisatie is actief op drie terreinen: neurodegeneratie, infectie en inflammatie. Voor het eerste deel bestudeert de cluster o.a. de gevolgen van hypoxie/ischemie en de rol van heemeiwitten hierin en hoe deze wordt waargenomen in metabool actief weefsel zoals hersenen.. Wat betreft het tweede deel wordt de virus-gastheer relatie, op intra- en extracellulair niveau onderzocht. In het derde deel worden de effecten van omgevingsfactoren (endocriene verstoorders, hormonen, oxidatieve stress, hypoxie, voedingsstoffen) onderzocht in relatie tot eiwit(signaal)functies en (epi)genoomregulatie bij inflammatieprocessen in immuuncellen (monocyten, macrofagen) kanker (CLL, myeloma, borstkanker, neuroblastoma, glioblastoma) en cardiovasculaire endotheelcellen (atherosclerose) . Al deze studies gebeuren op het niveau van eiwitten, proteomen en epigenomen.De volgende topics komen aan bod:Intracellulaire anti-HIV responsen welke gemediëerd worden door het eiwit TRIM19 (PML) worden bestudeerd op het niveau van eiwit-eiwit interacties. Dmv. cDNA cloneringstechnieken wordt een korte aminozuursequentie bevestigd aan PML waardoor eiwitten welke associëren met PML in geïnfecteerde of niet-geïnfecteerde cellen kunnen geïsoleerd en geïdentificeerd worden. Expressie en distributie van andere anti-HIV eiwitten zoals TRIM5¿ en APOBEC3G wordt bestudeerd in immuuncellen (CD4+, CD8+, monocyten¿) van niet-geïnfecteerde, HIV-geïnfecteerde of HIV-resistente personen (ESNs of Exposed Seronegatives).Extracellulaire anti-HIV responsen. Eiwitten en peptiden van cervico-vaginale spoelingen van niet-geïnfecteerde personen worden momenteel geïdentificeerd teneinde een 'catalogus' op te stellen van de verschillende antimicrobiële eiwitten en peptiden welke aanwezig zijn in deze stalen. In een later stadium zullen cervico-vaginale proteomen van niet-geïnfecteerde personen (controles) vergeleken worden met deze van ESNs teneinde correlaties te trekken tussen de proteoom profielen van ESNs en hun anti-HIV status.Hypoxie/oxidatieve stress. De gevolgen van hypoxie en de rol van heemeiwitten hierin worden bestudeerd in metabool actieve weefsels zoals hersenweefsel. Meer specifiek wordt de neuroprotectieve rol van neuro- en cytoglobine onderzocht in vivo en in vitro. Hierbij wordt gebruik gemaakt van transgenese (knock-out en overexpressie in muis en cellulaire modellen) en differentiële proteoomanalyse in modellen van globale en focale hypoxie.Studie van de structuur/functie van globine gebaseerde zuurstofsensors. Het correct meten van de zuurstof concentratie en zijn veranderingen en het hierop adequaat reageren door de cel is een fundamenteel proces. Hierin bestuderen we de structuur/functie van globine gebaseerde zuurstofsensors uit verschillende organismen (o.a. bacteriën, C. elegans) met als doel het beter begrijpen van dit proces in de eukaryote cel. Studie van epigenetische programmering van inflammatieprocessen. Gecontroleerde induceerbare expressie van onstekingsgevoelige genen is essentieel bij immuunreacties en homeostasis. Ontregelde chronische onstekingsprocessen in diverse celtypes zijn daarentegen dikwijls verantwoordelijk voor ontspoorde tumorontwikkeling, cardiovasculaire ziektes en neurologische aandoeningen. Selectiviteit, sterkte en tijdsafhankelijkheid van induceerbare inflammatie-afhankelijke genexpressie wordt bepaald door activatie en interactie van transcriptiefactoren/cofactoren (bvb. NFkB, AP1, Sp1, p53, HDAC, HMT, SIRT, jmjd HDMT, dnmt e.a.) en hun specifieke posttranslationele modificaties, met hun chromatineomgeving. Chromatine-eiwitregulatie (nucleosomen, histonmodificaties) en epigenetische modificaties (DNA-methylatie van CpG-motieven) vormen de ultieme integratieplaats voor signaalwegen geactiveerd door omgevingsfactoren (infectie, inflammatie, stress, metabolisme, voedingsfactoren). Het ontrafelen van de epigenetische wisselwerking van diverse omgevingsfactoren (voeding, stress, pathogenen, toxines, ...) met het genoom in inflammatie-kankermodellen of cardiovasculaire ziektes vormt de hoofdfocus van dit onderzoek. Onze cluster gebruikt voornamelijk, proteoom-, (epi)genoom- en eiwitanalyse-technieken voor het ontrafelen van eiwit(signaal)functies. Hierin is o.a. de flitsfotolyse opstelling die wordt gebruikt voor de studie van de bindingskinetiek enig in België. Specifieke eiwit(signaal)functies kunnen geanalyseerd worden via verschillende expressie en ¿interactiestudies van recombinante eiwitvarianten in vitro/in vivo. Voor epigenoomstudies zal gebruik gemaakt worden van nieuwe generatie chromatine-proteoomanalyses (posttranslationele factor/histonmodificaties) en nieuwe DNA-methylatie-detectiemethodes (bisulfietsequenering, methylatiespecifieke QPCR, pyrosequencing, MALDI, AIMS)
Trefwoorden:PROTEOMICA, EPIGENETICA, GLOBINES, HYPOCXIE, HEMOPROTEÏNEN, CHROMATINE, FUNCTIERELATIE IN EIWITTEN, AANGEBOREN IMMUNITEIT, PROTEÏNE-PROTEÏNE INTERACTIES
Disciplines:Biochemie en metabolisme, Systeembiologie, Medische biochemie en metabolisme