Onderzoeker
Sofie Van Gassen
- Disciplines (Flanders Institute for Biotechnology):Analyse van next-generation sequence data, Adaptieve immunologie, Bacteriologie
- Disciplines (Ghent University):Machine learning en besluitvorming, Bioinformatica, Datamining
Affiliaties
- Vakgroep Toegepaste Wiskunde, Informatica en Statistiek (Departement)
Lid
Vanaf1 jan 2018 → Heden - Saeys Lab (Onderzoeksgroep)
Lid
Vanaf1 jan 2017 → Heden - Vakgroep Informatietechnologie (Departement)
Lid
Vanaf4 jul 2013 → 31 dec 2017
Projecten
1 - 4 of 4
- Computationele cytometrie-technieken voor klinische toepassingen.Vanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: FWO senior postdoctoraal mandaat
- Klinische toepassingen van de computationele cytometrieVanaf1 okt 2021 → HedenFinanciering: BOF - postdoctorale mandaten
- Verbeteren van de diagnose en prognose van primaire immuundeficiënties met behulp van computationele flowcytometrieVanaf1 okt 2018 → 30 sep 2021Financiering: FWO mandaten
- Ontwikkeling van machine learning technieken voor flowcytometrie dataVanaf1 jan 2014 → 31 dec 2017Financiering: IWT persoonsgebonden financ. - specialisatiebeurzen
Publicaties
11 - 20 van 39
- Data processing workflow for large-scale immune monitoring studies by mass cytometry(2021)
Auteurs: Paulina Rybakowska, Sofie Van Gassen, Katrien Quintelier, Yvan Saeys, Marta E. Alarcón-Riquelme, Concepción Marañón
Pagina's: 3160 - 3175 - Monocyte-driven atypical cytokine storm and aberrant neutrophil activation as key mediators of COVID-19 disease severity(2021)
Auteurs: L. Vanderbeke, P. Van Mol, Y. Van Herck, F. De Smet, S. Humblet-Baron, K. Martinod, A. Antoranz, I. Arijs, B. Boeckx, F. M. Bosisio, et al.
- An updated guide for the perplexed : cytometry in the high-dimensional era(2021)
Auteurs: Thomas Liechti, Lukas M. Weber, Thomas M. Ashhurst, Natalie Stanley, Martin Prlic, Sofie Van Gassen, Florian Mair
Pagina's: 1190 - 1197 - Immune monitoring in melanoma and urothelial cancer patients treated with anti-PD-1 immunotherapy and SBRT discloses tumor specific immune signatures(2021)
Auteurs: Annabel Meireson, Simon Tavernier, Sofie Van Gassen, Nora Sundahl, Annelies Demeyer, Mathieu Spaas, Vibeke Kruse, Liesbeth Ferdinande, Jo Van Dorpe, Benjamin Hennart, et al.
- Analyzing high-dimensional cytometry data using FlowSOM(2021)
Auteurs: Katrien Quintelier, Artuur Couckuyt, Annelies Emmaneel, Joachim Aerts, Yvan Saeys, Sofie Van Gassen
Pagina's: 3775 - 3801 - High dimensional profiling identifies specific immune types along the recovery trajectories of critically ill COVID19 patients(2021)
Auteurs: P. A. Penttila, Sofie Van Gassen, D. Panovska, L. Vanderbeke, Y. Van Herck, Katrien Quintelier, Annelies Emmaneel, J. Filtjens, B. Malengier-Devlies, K. Ahmadzadeh, et al.
Pagina's: 3987 - 4002 - Computational flow cytometry as a diagnostic tool in suspected-myelodysplastic syndromes(2021)
Auteurs: Carolien Duetz, Sofie Van Gassen, Theresia M. Westers, Margot F. van Spronsen, Costa Bachas, Yvan Saeys, Arjan A. van de Loosdrecht
Pagina's: 814 - 824 - CytoNorm : a normalization algorithm for cytometry data(2020)
Auteurs: Sofie Van Gassen, Brice Gaudilliere, Martin S Angst, Yvan Saeys, Nima Aghaeepour
Pagina's: 268 - 278 - TAO-kinase 3 governs the terminal differentiation of conventional dendritic cells(2020)
Auteurs: Matthias Vanderkerken, Bastiaan Maes, Lana Vandersarren, Wendy Toussaint, Kim Deswarte, Manon Vanheerswynghels, Philippe Pouliot, Liesbet Martens, Sofie Van Gassen, Connie M. Arthur, et al.
Pagina's: 31331 - 31342 - RORγt inhibition selectively targets IL-17 producing iNKT and γδ-T cells enriched in Spondyloarthritis patients(2019)
Auteurs: Mark E. Labadia, Tine Decruy, Julie Coudenys, Kathleen Hoyt, Anita L. Wayne, Robert Hughes, Michael Turner, Sofie Van Gassen, Liesbet Martens, Dustin Smith, et al.