Een ZenoTOF 7600 massaspectrometer voor N-terminoom analyses.

De SCIEX ZenoTOF 7600 massaspectrometer is onder meer uitgerust met een nieuwe fragmentatiemethode, zijnde Electron-Activated Dissociation (EAD). Voor proteoomanalyse is fragmentatie van peptiden, eiwitfragmenten en intacte eiwitten essentieel om deze biomoleculen te identificeren.

Het Gevaert labo (https://cmb.vib.be/labs/gevaert-lab) onderzoekt onder meer de amino-(N)terminale delen van eiwitten via een gespecialiseerde proteoomtechniek, zijnde N-terminomics. De identiteit en de modificaties van de N-termini van eiwitten zijn onder andere bepalend voor de stabiliteit, de lokalisatie en de verzameling van interactiepartners van eiwitten, waardoor het vanuit biomedisch en biochemisch oogpunt gezien heel interessant is om het N-terminoom in cellen en weefsels te identificeren via massaspectrometrische methoden.

Recent ontdekten we dat onze N-terminoomtechnologie ons ook toelaat om het “verborgen deel van het proteoom” (bijvoorbeeld mogelijke translatieproducten van long non-coding RNA-moleculen) efficiënter te identificeren, waardoor we dus nieuwe eiwitten identificeren die via andere methoden functioneel gekarakteriseerd kunnen en moeten worden.

Een laatste onderzoekslijn in het Gevaert labo betreft klinische proteoomanalyses waarin we de N-terminoomtechnologie gebruiken om in vloeibare biopten zoals bloedplasma en cerebrospinaal vocht, specifieke eiwitmerkers voor humane aandoeningen proberen te identificeren. In dit kader is de mogelijkheid van zogenaamde data-independent analyses (DIA) via de Zeno SWATH-technologie bijzonder interessant om via korte analyses (~15 minuten) proteomen van vloeibare biopten voldoende diep te identificeren en te kwantificeren om aldus nieuwe en specifiekere eiwitmerkers voor humane ziektes te identificeren.

Samenvattend zal het Gevaert lab de EAD-technologie gebruiken voor een meer uitgebreide en een meer gevoelige analyse van het N-terminoom, en de SWATH-DIA-technologie voor nieuwe toepassingen in het veld van klinische proteoomanalyses.