Een nieuw fragment-gecentreerd perspectief op proteomics.

Deze aanvraag is gesitueerd binnen de massaspectrometrie gebaseerde (MS) proteomics. Ons consortium brengt unieke N-terminomics-technologieën uit het Gevaert-lab samen met de expertise op het gebied van histonepigenetica en op nieuwe Q-TOF-acquisitiestrategieën van ProGenTomics (Prof. Deforce en Dr. Dhaenens), de op machine learning gebaseerde identificatie-algoritmen ontwikkeld in het Martens-lab en statistische oplossingen voor robuuste kwantificering en differentiële analyse van het Clement-lab. Samen omvatten onze laboratoria de volledige proteomics-workflow, van het verzamelen en verwerken van biologische monsters, over data-acquisitie tot data-analyse. De kern van ons voorstel is een nieuw massaspectrometrische ontwerp van SCIEX, het ZenoTOF 7600-systeem dat een nieuwe, baanbrekende fragmentatietechnologie (Electron Activated Dissociation of EAD) combineert met de Zeno-trap, die de instrumentgevoeligheid tienvoudig verhoogt. Dit laatste is vooral relevant in de context van de recent gepubliceerde maar nog niet commercieel beschikbare Scanning SWATH data-onafhankelijke acquisitie (DIA)-strategie voor extreem high-throughput proteomics, die bèta-getest is op een eerder instrumenteel ontwerp (SCIEX TripleTOF 6600+) in het ProGenTomics-lab sinds zomer 2020. Opvallend genoeg werd de ZenoTOF in de zomer van 2021 gelanceerd met de quote van M. Dhaenens: “Zeno opens the door to a fragment centric revolution”