Statistische en computationele methoden voor fylodynamische inferentie in reële tijd

De drastisch toegenomen hoeveelheden gen- en genoomsequenties voor de meest voorkomende besmettelijke ziektes hebben ervoor gezorgd dat de grenzen van huidige computationale analyses, zoals fylogenetische inferentie, continu opgezocht worden. Dit project beoogt de ontwikkeling van statistische en computationele methoden om op een efficiënte manier epidemiologische en evolutionaire informatie te bepalen uit genoomsequenties van pathogenen tijdens een epidemie. Het reconstrueren van de verspreiding van pathogenen uit genetische data vormt een statistisch scenario waarbij data punten sequentieel in de tijd geobserveerd worden en welke tijdig moeten geanalyseerd worden. De doelstelling van dit project is dus om bestaande fylodynamische analyses uit te breiden met nieuwe data om zodoende de tijdsvereisten van dergelijke analyses drastisch te verkorten, met behulp van een combinatie van statistische methoden – om de nieuwe data toe te voegen aan een bestaande analyse – en parallelle computationele technieken om de performantie van zoekalgoritmes te verhogen.