Genetische diversiteit van rotavirussen en co-segregatie van rotavirus gensegmenten in reassortanten.

Rotavirussen hebben een genoom bestaande uit 11 segmenten dsRNA. Reassortering komt veelvuldig voor in de natuur wanneer twee verschillende rotavirussen eenzelfde cel infecteren, waardoor nieuwe varianten ontstaan die gensegmenten van beide ouderstammen bevatten. Dit proces, waarbij alle 11 rotavirus gensegmenten betrokken zijn, kan een zeer grote genetische diversiteit doen ontstaan. In dit project zullen we een snelle, krachtige sequentie-onafhankelijke methode op punt stellen voor de bepaling van de volledige genoomsequentie van rotavirussen. Deze techniek is gebaseerd op een combinatie van een één-primer-RT-PCR in combinatie met pyrosequencing. Deze techniek zal gebruikt worden om interessante humane en dierlijk rotavirusstalen volledig moleculair te karakteriseren. Ook zullen we deze techniek aanwenden om na te gaan of 2 recente rotavirusvaccins, bestaande uit levend-verzwakte rotavirusstammen, niet in de humane populatie zullen beginnen te circuleren. Er is maar weinig geweten over het effect van reassortering op interacties tussen verschillende rotavirus gensegmenten/proteïnen. Omgekeerd kan de frequentie van reassortering die wordt waargenomen in de natuur tussen elke set van twee of meer gensegmenten ons een indicatie geven voor de specificiteit van hun interactie. Om dergelijke interacties te onderzoeken zullen we nieuwe software gebruiken, die speciaal voor gelijkaardige studies bij influenzavirussen werd ontwikkeld.

Trefwoorden:Pyrosequencing, Reassortment, Genetic diversity, Rotavirus

Disciplines:Microbiologie, Systeembiologie, Laboratoriumgeneeskunde, Immunologie, Maatschappelijke gezondheidszorg, Gezondheidswetenschappen, Publieke medische diensten