De evolutionaire dynamica van de opkomst, verspreiding en virulentie van pathogenen

Evolutionaire en epidemiologische informatie die geëxtraheerd wordt uit pathogeen genomen is uitgegroeid tot een belangrijk instrument in het onderzoek naar infectieziektes. Door deze informatie aan te wenden beogen moleculaire epidemiologen om de origine en epidemische geschiedenis van pathogenen op te helderen, van reservoir dynamica tot hun opkomst in nieuwe gastheren, alsook hun geografische verspreiding over tijd en de evolutie van virulentie. Maar ondanks de revolutie in genoom sekweneringstechnologie en de vooruitgang in statistische methodologie, blijven kernvragen over pathogeen opkomst en hun verspreiding in humane populaties onbeantwoord in belangrijke virale epidemieën. Wanneer we geconfronteerd worden met nieuwe virale uitbraken, zoals de verwoestende Ebola virusepidemie in West-Afrika of de pandemische verspreiding van SARS-CoV-2 als de oorzaak van COVID-19, blijft het ook een uitdaging om deze technologieën in te zetten in systematische en gecoördineerde wijze. Tenslotte, tijdens virus verspreiding in humane populaties kunnen ziekteprofielen enorm variëren tussen patiënten, maar het is vaak onduidelijk in welke mate dit te wijten is aan genetische variatie van het virus. In dit project beoog ik om contributies te maken op verschillende vlakken: i) het ophelderen van reservoir dynamica van virale pathogenen, ii) het infereren van historische pathogeen opkomst, iii) een ‘real-time’ tracering van pathogeen verspreiding en iv) het verruimen van ons inzicht in virulentie evolutie.