Empirische exploratie van nieuwe DNA probes voor hybridisatie met tandem repeats

Short tandem repeat (STR) DNA profilering, met applicaties in forensisch onderzoek en diagnostica, wordt momenteel uitgevoerd op basis van PCR amplificatie gevolgd door capillaire electroforese om de lengte van de amplicons te bepalen. Deze methodologie is niet alleen tijdsintensief, ze vereist tevens volumineuze toestellen. Om dit probleem aan te pakken hebben wij een nieuwe STR genotypering methode ontwikkeld, gebaseerd op DNA hybridisatie probes, en hebben dit concept succesvol gedemonstreerd. In dit project willen we een diepgaandere karakterisatie van de probes uitvoeren, om een beter begrip van het hybridisatieproces te bekomen, om op die manier het rationeel ontwikkelen van de probe te verbeteren. We willen de invloed van PCR amplificatie artefacten op het discriminerend vermogen van de probes begrijpen. Daarenboven zal een meer geavanceerde hybridisatie probe geëxploreerd worden. Ten slotte zullen we het effect van probe immobilisatie op hybridisatie efficiëntie onderzoeken, om op die manier de meest geschikte immobilisatie strategie te identificeren. We zijn van plan om deze inzichten te consolideren door een on-chip demonstratie met zowel singleplex als multiplex chip designs.