Modellering van genregulatie met end-to-end deep learning van genexpressie-voorspellingen

Tijdens mijn PhD zal ik het potentieel onderzoeken van sequentie-gebaseerde deep learning modellen om genregulatie te onderzoeken. De huidige deep learning modellen kunnen chromatinetoegankelijkheid en genexpressie direct voorspellen op basis van de genoomsequentie voor specifieke celtypes. Met behulp van deze modellen zal ik in silico experimenten uitvoeren om de invloed van enhancer- en promotorsequenties op de toegankelijkheid en expressie in verschillende celtypes te onderzoeken. Verder wil ik de kennis van deze grote modellen destilleren in kleinere, meer gerichte modellen.