Toolontwikkeling voor multi-omic data-integratie

Pathologie speelt een grote rol bij het bepalen van de behandeling die een kankerpatiënt krijgt. In de afgelopen jaren onthulden single-cell analyses dat tumoren complexe cellulaire mengsels zijn, waarvoor de volgende uitdaging zich richt op het onderzoeken hoe al deze cellen interageren in specifieke micro-omgevingen. Nieuwe technologieplatformen, waaronder multiplex IHC (mIHC) en spatial transcriptomics, maken dergelijke hoogdimensionale analyse mogelijk, maar tools voor gegevensanalyse ontbreken nog grotendeels. In dit project zullen eerst computationele tools worden ontwikkeld om single-cell data maximaal te extraheren uit mIHC en spatial transcriptomics, waarna beide datatypes zullen worden geïntegreerd met behulp van een verscheidenheid aan tools voor datafusie. Dit zal gebeuren met behulp van beschikbare en nieuwe datasets over verschillende kankertypes heen waarvoor dergelijke informatie is en zal worden verzameld.