De basis leggen voor de sequentiebepaling van het hele genoom van klinische Mycobacterium tuberculosis-isolaten in het landelijke Oost-Kaap-gebied van Zuid-Afrika.

Tuberculose (tbc) blijft een belangrijk mondiaal gezondheidsprobleem, aangezien de inspanningen waarschijnlijk tekortschieten om de doelstellingen van de End TB-strategie voor 2030 te halen om het aantal sterfgevallen door tbc met 90% en de incidentie van tbc met 80% te verminderen. Bovendien bevestigden recente statistieken van de Wereldgezondheidsorganisatie de vrees voor een groeiende epidemie van resistente tbc (DR-tbc), die de tbc-bestrijding verder bedreigt. Zuid-Afrika wordt geconfronteerd met dubbele hiv- en tbc-epidemieën en is een hotspot voor DR-tbc, met een van de hoogste lekken van multiresistente tbc (MDR-tbc) ter wereld. In Zuid-Afrika lijden de provincies Oostkaap, Westkaap en KwaZulu-Natal het zwaarst door zowel MDR-tbc als de zeer moeilijk te behandelen, extensief resistente tbc (XDR-tbc).Whole genome sequencing (WGS) maakt de volledige analyse van het Mycobacterium tuberculosis (Mtb) genoom en identificatie van alle bekende geneesmiddelresistentie veroorzakende mutaties mogelijk. De snelle vooruitgang van WGS-technologie en de afnemende kosten hebben het toegankelijker gemaakt voor gebruik in onderzoek en hebben de mogelijkheid geopend voor toepassing ervan in de volksgezondheid, zelfs in situaties met weinig middelen. De hoge resolutie van WGS biedt ook de mogelijkheid om de genomische varianten van pathobiologie te bestuderen, transmissie te ontcijferen, gemengde infecties op te sporen, het ontstaan ​​van geneesmiddelresistentie te onderzoeken en nieuwe mechanismen van geneesmiddelresistentie te ontdekken, waardoor een beter begrip wordt verkregen van de factoren die de drijvende kracht zijn achter de ziekte. DR-TB-epidemie.Ondanks de ogenschijnlijke voordelen en afnemende kosten, heeft WGS zijn rechtmatige plaats nog niet gevonden in onderzoek of zorg voor DR-tbc-patiënten met een hoge tbc-lastenomgeving vanwege de beperkte lokale expertise in de extractie van hoogwaardig Mtb-DNA, een cruciale vereiste voor succesvol WGS, en het gebrek aan personeel met de bioinformatica-vaardigheden die nodig zijn voor analyse en interpretatie van WGS-gegevens.Het algemene doel van dit project is om een ​​nieuwe samenwerking tot stand te brengen tussen het Global Health Institute van de Universiteit Antwerpen (UAntwerpen) (Dr Anzaan Dippenaar) en het Departement Laboratoriumgeneeskunde en Pathologie, Water Sisulu University (WSU), Zuid-Afrika (Dr Teke Apalata) om de basis te leggen voor succesvol toekomstig samenwerkingsonderzoek tussen deze twee groepen op het gebied van Mtb WGS.Om capaciteit op te bouwen, technologieoverdracht te bevorderen en de zaden te planten voor toekomstige samenwerking, stellen we een zeer kosteneffectieve en innovatieve benadering voor het opbouwen van blended learning-capaciteit voor Mtb-culturen, DNA-extractie voor WGS en bio-informatica-analyses van WGS-gegevens voor.In de huidige pandemische situatie en met voorzienbare toekomstige budgetbeperkingen zijn nieuwe benaderingen van Noord-Zuid-capaciteitsopbouw nodig. Als gevolg van de wereldwijde pandemie COVID-19 heeft het hoger onderwijs massale migraties ondergaan van traditioneel persoonlijk onderwijs naar online onderwijs met behulp van diverse digitaliseringsstrategieën. Het huidige online en blended learning is echter vooral gericht op het verstrekken van kennis, het maken van toetsen en het bieden van online ondersteuning. De meeste universiteiten hebben ervoor gekozen om de praktijk op de campus en in persoon te houden. In dit project willen we het huidige blended learning uitbreiden naar hands-on, laboratoriumgebaseerde training door nieuwe benaderingen te implementeren zoals de 'lab-in-the-box', live-streaming online demonstraties van laboratoriumprocedures en online monitoring. van onafhankelijke implementatie van laboratoriumprocedures om ervoor te zorgen dat de technische nuances en complexiteit van Mtb-DNA-extractie en WGS-bioinformatica-analyses op een "COVID-proof" en kosteneffectieve manier worden onderwezen.

Trefwoorden:NEXT GENERATION SEQUENCING, TUBERCULOSE

Disciplines:Analyse van next-generation sequence data, Infectieziekten