Een framework om de epitoop hiërarchie en het ingewikkelde repertoire van de menselijke T cel respons in kaart te brengen voor viscerale leishmaniasis.

Viscerale leishmaniasis (VL) is een van de ernstigste parasitaire infectieziekten met 0.4 miljoen nieuwe gevallen per jaar. Er zijn momenteel geen vaccins tegen VL, maar er is wel bewijs voor verworven T cel-gemedieerde immuniteit en resistentie tegen herinfectie. Ontwikkeling van een succesvol vaccin tegen VL wordt nu geremd door het ontbreken van een goed diermodel, en het grote aantal Leishmania antigenen die nog niet gekarakteriseerd zijn, aangezien de huidige screening methoden erg low-throughput zijn. Hierdoor is er een groot gebrek aan inzicht in de epitoop reactiviteit, de epitoop dominantie hiërarchie en de antigenische variatie. Dit project wil deze status quo doorbreken door een patiëntgericht framework te implementeren, dat in silico epitoop voorspellingen integreert met in vitro immunopeptidomics, om zo de epitoop hiërarchie te bepalen. Daarnaast willen wij ook de menselijke Leishmania-specifieke T cel respons en repertoire karakteriseren tijdens het volledige verloop van de ziekte. Dit zal gedaan worden aan de hand van single-cell RNAseq, single-cell TCRseq en CITE-seq. Deze state-of-the-art technieken zijn in staat om met een ongekende resolutie een zeer diepe profilering van de immuun respons uit te voeren. Wij verwachten dat dit framework direct gebruikt kan worden voor de ontwikkeling van diagnostische tools, om de ontwikkeling van een vaccin tegen Leishmania te versnellen en om als proof-of-concept dienen voor andere vergelijkbare complexe pathogenen.

Trefwoorden:IMMUNOINFORMATICA, BIO-INFORMATICA, DATA MINING

Disciplines:Bio-informatica van ziekten, Single-cell data analyse, Adaptieve immunologie, Vaccinologie, Tropische geneeskunde

Project type:Samenwerkingsproject