Gebruik van next generation sequencing om hoofdrolspelers in de Arabidopsis thaliana hypocotyl expansie te identificeren.

Dit project beoogt het vergroten van de kennis van de regulatie van plantencelelongatie, aangezien dit proces de uiteindelijke vorm en grootte van planten bepaalt alsook de primaire biomassa productie. Arabidopsis thaliana zal gebruikt worden als modelplant en het hypocotyl gaat aangewend worden om sleutel-spelers in de regulatie van (cel)elongatie te identificeren.De elongatie van het hypocotyl is zeer prominent wanneer die in het donker gegroeid wordt. Na perceptie van licht wordt de elongatie echter zeer snel geïnhibeerd. In dit kader hebben we een unieke mutant geïdentificeerd en gekarakteriseerd. Deze mutant, apollo, stopt niet met groeien wanneer licht waargenomen wordt, maar toont wel alle andere kenmerken van de-etiolatie.Om genen en miRNAs te identificeren met een cruciale rol in de licht-regulatie van elongatie, gaan we het transcriptoom van 1) donker-gegroeide wild-type en apollo, 2) licht-gegroeide wild type en apollo en 3) donker-gegroeide wild-type maar getransfereerd naar licht en donker-gegroeide apollo maar getransfereerd naar licht vergelijken, waarbij we gebruik maken van Next Generation Sequencing (NGS).Daarbovenop hebben we ontdekt dat de mutant een constant hoge expressie van een transcriptiefactor (ORPHEUS) vertoont, terwijl die in wild-type planten normaal neergereguleerd wordt bij licht-perceptie. Hierdoor wordt deze geïdentificeerd als mogelijke switch die de expansie en inhibitie ervan reguleert. Als gevolg gaan we de targetgenen van deze transcriptiefactor opzoeken via NGS, gebruikmakend van DNA dat resulteert uit een chromatine immunoprecipitatie, specifiek gericht tegen ORPHEUS. Functionele analyse via een reverse genetics approach zal de individuele gevonden genen linken aan hun functie en rol in de regulatie van celexpansie.

Trefwoorden:CELEXTENSIE, NEXT GENERATION SEQUENCING, PLANTENGROEIREGULATIE, ARABIDOPSIS THALIANA L.

Disciplines:Algemene biologie, Plantenbiologie