Fylogenomische karakterisering van endogene en exogene flavivirussen

De beschikbaarheid van genomische data biedt een enorme bijdrage in het karakteriseren van de evolutionaire dynamica die aan de grondslag ligt van de opkomst van virussen in humane populaties. Dergelijke factoren zijn echter nog steeds ongekend voor een van de meest belangrijke oorzaken van ernstige chronische leverziekte, het Hepatitis C Virus. Dit hiaat in onze kennis is in grote mate te wijden aan het gebrek van een gekend reservoir van het virus. Na de ontdekking in 1989, bleeft HCV de enigste vertegenwoordiger van het genus Hepacivirussen gedurende ongeveer 2 decennia, maar recente nieuwe ontdekkingen hebben de gastheerspecies alsook de virus diversiteit enorm uitgebreid. Om te bepalen hoe de huidige HCV diversiteit to stand kwam en hoe hepacivirusen naar de mens en gedomesticeerde dieren werd overgedragen, willen we een unieke collectie stalen van knaagdieren en vleermuizen uit zowel Afrika als Azië testen en genomische data genereren voor de positieve stalen met behulp van moderne sequeneringstechnologieën. Daarnaast beogen we om een nieuwe aanpak van codon substitutiemodellen te ontwikkelen in een Bayesiaans statistisch kader voor de analyse van relatief diepe evolutionaire tijdsschalen, en dit samen met efficiente computationele manieren om schattingen te bekomen onder dergelijke modellen. Gewapend met deze methodologie willen we uitgebreide evolutionaire analyses uitvoeren op de nieuwe data, met een focus op de hepacivirus evolutionaire tijdschaal, de impact van recombinatie en moleculaire adaptatie geassocieerd met cross-species transmissies.