Karakterisering van de transcriptoom interacties tussen gastheer en darmflora in gezondheid en ziekte

Het menselijk lichaam is een ecosysteem dat biljoenen bacteriën huisvest, waarvan de overgrote meerderheid in de darmen leeft. Onder normale omstandigheden is er een evenwicht waarbij de verschillende bacteriesoorten (de microbiota) verschillende voordelen aan de gastheer verlenen. Veranderingen in dit evenwicht zijn echter in verband gebracht met verschillende ziekten met een sterke ontstekingscomponent, zoals inflammatoire darmziekte (IBD) en colorectale kanker (CRC).

Teeltvrije genoomsequencing (metagenomica) is toegepast om de soort te identificeren die correleert met gezondheid en ziekte, en de genen waarvoor ze coderen. Dit geeft echter geen informatie over welke van deze genen actief of inactief zijn, wat cruciaal is om de interacties tussen de gastheer en de bacteriële gemeenschap te begrijpen. Om dit probleem aan te pakken, zullen we metatranscriptomics uitvoeren, een techniek om te bepalen welke de actieve genen in deze bacteriën zijn, evenals in de gastheer. We zullen deze techniek toepassen op darmbiopten van gezonde individuen om te begrijpen wat de reeks van normale interacties is, en later zullen we hetzelfde doen met biopsieën van IBD- en CRC-patiënten om te begrijpen wat de veranderingen zijn die optreden bij aandoeningen met een sterke inflammatoire component. We zullen ook onderzoeken of de genetische achtergrond van de gastheer de genexpressie van de microbiota beïnvloedt bij gezonde individuen.