Een populatiegenomisch perspectief op persistente virale infecties.

Virale infecties en hun geassocieerde pathologieen vormen een belangrijke bedreiging voor de volksgezondheid. Alhoewel virale ziektes goed beschreven zijn, blijft het een enorme uitdaging om de epidemische verspreiding tussen gastheren en zieketontwikkeling binnen de gastheer te belemmeren. Een beter inzicht in de relatie tussen zeikteontwikkeling, epidemische processes en pathogeenevolutie is essentieel in de strijd tegen virale infecties.
Het doel van dit project bestaat uit het optimaliseren van experimentele protocollen en het ontwikkelen van nieuwe analytische methodes die hun voordeel halen uit de output van 454 sequeneringsresultaten om zo tot een beter inzicht in de dynamica van mutatie en adaptatie te komen bij chronische infecties. We concentreren ons specifiek op wat er gebeurt met de genomische viral diversiteit wanneer de selectieve landschap verandert, bijvoorbeeld na transmissie naar een nieuwe gastheer of volgend op instellen van therapie. We zullen de breedte en diepte van deze informatie, zowel in termen van het volledige genoom als de quasispeciesdiversiteit, exploiteren om de dynamica van immuunrespons gerelateerde mutaties en virale archivering grondig te onderzoeken.