De ontwikkeling van een proteomics procedure voor de analyse van formaline gefixeerd paraffine ingebed weefsel met het oog op toepassing in klinisch onderzoek.

De zoektocht naar diagnostische, prognostische en voorspellende biomerkers vereist een groot aantal biologische stalen binnen het klinisch onderzoek. Zulke biomerkers zijn indicatoren van een bepaalde biologische status of conditie. Aangezien de concentratie van laag abundante proteïnen aanzienlijk hoger is binnen of in de nabijheid van aangetast weefsel, bestaat er binnen het biomerkeronderzoek een grote vraag naar vers ingevroren klinische weefselstalen. Maar verse weefselstalen van hoge kwaliteit zijn echter schaars beschikbaar. Formaline gefixeerd paraffine ingebed (FFPE) weefsel daarentegen wordt routineus aangemaakt en bewaard voor pathologisch onderzoek. Als gevolg hiervan zijn er miljoenen klinische FFPE weefselstalen wereldwijd beschikbaar. Gezien formaldehyde proteïnen voor lange termijn (100 jaar) stabiel kan bewaren en omdat deze methode de architecturale structuur van het weefsel behoudt, vormt FFPE weefsel een goed alternatief voor vers gevroren weefsel. Er zijn echter ook uitdagingen aan FFPE weefsel verbonden. Formaline geïnduceerde proteïne-crosslinks en ongekende proteïnemodificaties verhinderen de analyse van uit FFPE weefsel geëxtraheerde proteïnen. Hoewel verschillende onderzoeksgroepen reeds pogingen hebben ondernomen om een efficiënte FFPE proteomics workflow te ontwikkelen, bestaat er een algemene consensus dat een succesvolle standard operating procedure nog steeds niet beschikbaar is. In dit project willen wij daarom een reproduceerbare FFPE proteomicsworkflow ontwikkelen die het mogelijk maakt om op een accurate en correcte wijze FFPE proteïnen te analyseren. De technische uitdagingen van dit project zijn: 1) formaline geïnduceerde proteïne-crosslinks die de extractie van intacte proteïnen verhinderen en 2) ongekende en onverwachte proteïnemodificaties die een ondubbelzinnige proteïne-identificatie bemoeilijken. Eens deze FFPE proteomics workflow is geoptimaliseerd, kan deze worden ingezet om antwoorden te zoeken om verschillende klinische vraagstellingen.