Geometrische datamining voor bioinformatica.

3-dimensionele data is overal aanwezig. De hoeveelheid gegevens zoals proteïnestructuren, surveillatievideo's of geografische informatie is de laatste jaren enorm toegenomen. Terzelfdertijd proberen data mining methodes nuttige kennis uit deze gegevens af te leiden. De huidige methodes habben echter enkele tekortkomingen. Als men bijvoorbeeld het bindingsproces van een molecule aan een proteïne beschouwt, dan is het onvoldoende om enkel de aminozuursequentie van de proteïne te bestuderen. In deze situatie bepalen allerhande geometrische en chemische beperkingen of de molecule zal binden aan de proteïne. Deze beperkingen kunnen niet afgeleid worden uit de sequentie alleen. De huidige data mining methodes laten niet toe om patronen te zoeken die al deze beperkingen in rekening brengen. In dit project zal een nieuw data mining raamwerk gemaakt worden dat gebaseerd is op geometrische patronen. Zulke patronen bestaan zowel uit geometrische (bvb. 3D-coördinaten en hoeken) als domeinspecifieke beperkingen (bvb. chemische kennis). Zo zal het mogelijk zijn om op een efficiënte manier patronen te ontdekken in een volledig nieuw domein van gegevens, met een expressiviteit die superieur is aan de huidige methodes. Zulke methodes kunnen niet alleen tot nieuwe inzichten leiden wat betreft de interacties van proteïnen, maar ze zijn ook breder toepasbaar in domeinen zoals robotica en computervisie.

Trefwoorden:Bioinformatics, Geometrical pattern mining, Data mining, Artificial intelligence

Disciplines:Toegepaste wiskunde, Computerarchitectuur en -netwerken, Distributed computing, Informatiewetenschappen, Informatiesystemen, Programmeertalen, Scientific computing, Theoretische informatica, Visual computing, Andere informatie- en computerwetenschappen, Artificiële intelligentie, Cognitieve wetenschappen en intelligente systemen, Engineering van biomaterialen, Biologische systeemtechnologie, Biomateriaal engineering, Biomechanische ingenieurswetenschappen, Andere (bio)medische ingenieurswetenschappen, Milieu ingenieurswetenschappen en biotechnologie, Industriële biotechnologie, Andere biotechnologie, bio-en biosysteem ingenieurswetenschappen