< Terug naar vorige pagina
Project
Karakterisering van het primase DnaG van Staphylococcus aureus, een potentieel doelwit voor nieuwe antibiotica.
De toenemende resistentie van bacteriën voor antibiotica is een grote uitdaging voor de gezondheidszorg. Infecties veroorzaakt door (multi)resistente pathogenen veroorzaken nog steeds ernstig ziekteleed en sterfte. Een groot deel van deze bacteriële infecties wordt veroorzaakt door methicilline-resistente vormen van Staphylococcus aureus
(S. aureus) (MRSA). Ondanks de grote impact op de volksgezondheid zijn er de laatste jaren weinig nieuwe antibiotica op de markt gekomen. In ditproject zullen we daarom het primase DnaG van S. aureus beschouwenals een mogelijk doelwit waartegen nieuwe antibiotica kunnen worden ontwikkeld. Omdat de zoektocht naar het moleculair doelwit bij de whole-cell screening-methode in het antibiotica-onderzoek erg moeilijk is, en omdat langs de andere kant veel hits die via de high-throughput screening-methode (HTS) worden gevonden geen antibacteriële activiteit hebben, zullen we in het eerste deel van dit project een DnaG-knockdownstam aanmaken waarbij genomisch DnaG wordt uitgewisseld met een induceerbare kopie. Dit laat toe om via whole-cell screening moleculen te identificeren die specifiek DnaG remmen. In het tweede deel van dit project zullen een aantal enzymatische (HTS compatibele) in vitro testen worden opgesteld met zowel het volledige eiwit als de verschillende domeinen die rechtstreeks toepasbaar zijn voor de verificatie van hits uit de screening met de DnaG-knockdownstam, voor HTS van moleculebibliotheken en voor het achterhalen van het werkingsmechanisme van hit-moleculen. Omdat de kennis over S. aureus-primase zeer beperkt is zullen in dit project deze testen worden gebruikt voor de biochemische karakterisering van DnaG.
(S. aureus) (MRSA). Ondanks de grote impact op de volksgezondheid zijn er de laatste jaren weinig nieuwe antibiotica op de markt gekomen. In ditproject zullen we daarom het primase DnaG van S. aureus beschouwenals een mogelijk doelwit waartegen nieuwe antibiotica kunnen worden ontwikkeld. Omdat de zoektocht naar het moleculair doelwit bij de whole-cell screening-methode in het antibiotica-onderzoek erg moeilijk is, en omdat langs de andere kant veel hits die via de high-throughput screening-methode (HTS) worden gevonden geen antibacteriële activiteit hebben, zullen we in het eerste deel van dit project een DnaG-knockdownstam aanmaken waarbij genomisch DnaG wordt uitgewisseld met een induceerbare kopie. Dit laat toe om via whole-cell screening moleculen te identificeren die specifiek DnaG remmen. In het tweede deel van dit project zullen een aantal enzymatische (HTS compatibele) in vitro testen worden opgesteld met zowel het volledige eiwit als de verschillende domeinen die rechtstreeks toepasbaar zijn voor de verificatie van hits uit de screening met de DnaG-knockdownstam, voor HTS van moleculebibliotheken en voor het achterhalen van het werkingsmechanisme van hit-moleculen. Omdat de kennis over S. aureus-primase zeer beperkt is zullen in dit project deze testen worden gebruikt voor de biochemische karakterisering van DnaG.
Datum:1 okt 2011 → 31 dec 2015
Trefwoorden:DNA replication, Primase, DnaG, inhibitor, High-throughput screening, MRSA, Staphylococcus aureus, Assay development
Disciplines:Microbiologie, Systeembiologie, Laboratoriumgeneeskunde
Project type:PhD project