Nieuwe generatie sequencing voor een grondige transcriptoom analyse van een tropische plant-schimmel interactie (NEGENTROP).

Dit NEGENTROP voorstel wil nieuwe informatie en een dieper inzicht verwerven in de interactie tussen banaan en de pathogene schimmel Mycosphaerella fijiensis, die een belangrijke bedreiging en struikelblok vormt voor zowel de Ecuadoriaanse export als de globale banaan gerelateerde industrie. Hoge doorvoer, nieuwe generatie (next-generation) sequencing zal momentopnamen van het gastheer transcriptoom opleveren op bepaalde tijstippen tijdens het infectieproces onder bijna natuurlijke condities. Bioinformatica analyse zal genen identificeren die differentiëel of abundant tot expressie komen evenals splicing varianten van het banaan - en schimmel genoom. De ontdekking van netwerken van genen die samen tot expressie komen, kan ook leiden tot de identificatie van kandidaat genen om schimmel resistente planten aan te maken.

Trefwoorden:Fungus, Disease resistance, Next-generation sequencing, Bioinformatics, Pathogen, Transcriptomics, Infection, Banana

Disciplines:Plantenbiologie, Productie van landbouwdieren, Productie van landbouwgewassen, Landbouw, land- en landbouwbedrijfsbeheer, Andere landbouw, bosbouw, visserij en aanverwante wetenschappen, Engineering van biomaterialen, Biologische systeemtechnologie, Biomateriaal engineering, Biomechanische ingenieurswetenschappen, Andere (bio)medische ingenieurswetenschappen, Milieu ingenieurswetenschappen en biotechnologie, Industriële biotechnologie, Andere biotechnologie, bio-en biosysteem ingenieurswetenschappen