Projecten
Het verband tussen chromosoomconformatie, 3D nucleaire DNA architectuur en genexpressie begrijpen in humane embryogenese op single cel resolutie KU Leuven
Ons begrip van hoe het DNA in een celkern georganiseerd is in hogere orde structuren is slechts rudimentair, maar cruciaal om variërende genexpressie en fenotypes van cellen in normaal en ziekte weefsel te begrijpen. In de eerste celcycli na de bevruchting in het bijzonder, vinden er drastische veranderingen plaats in de DNA architectuur alsook in genexpressie, die ertoe leiden dat cellen naar specifieke embryonale weefsels kunnen ...
Een single cel integratieve (epi)genoom en transcriptoom atlas van humane preimplantatie embryogenese om oorzaak en effect van (epi) genoom dynamica in de eerste dagen van menselijke ontwikkeling te begrijpen KU Leuven
Dit project beoogt de ontwikkeling en toepassing van een nieuwe, state-of-the-art ééncellige sequencingmethode voor simultane genoom-, epigenome en transcriptoomanalyse van dezelfde enkele cel om voor het eerst het samenspel tussen het genoom, epigenoom en transcriptoom te bestuderen binnen enkele cellen over menselijke embryo's in verschillende ontwikkelingsstadia.
Korte 3'UTRs van transcripten in sperma zijn noodzakelijk voor preimplantatie embryogenese. KU Leuven
Microspore embryogenese: een een pad naar leven of dood. Universiteit Gent
De ontwikkeling van planten is adaptief en compenseert hun onvermogen om te ontsnappen aan ongunstige leefomstandigheden. We maken gebruik van deze flexibiliteit bij de in vitro vermeerdering en temperatuurstress geinduceerde embryogenese van microsporen. Ondanks het belang van dit proces voor het creëren van duurzamere hybride gewasvariëteiten, weten we heel weinig over de moleculaire mechanismen die plaatsvinden tijdens de stress ...
De robuustheid van zelforganizatie gedurende de embryogenese van C. elegans KU Leuven
In dit project wordt gekeken naar hoe de erg robuste positionering van cellen gedurende de vroege embryogenese van C. elegans. Er wordt gebruik gemaakt van genetische perturbaties, microscopie en optogenetica. Het multi-disciplinaire onderzoek bekijkt de rol van moleculaire factoren, mechanica en cellulaire eigenschappen gedurende cel positionering.
Analyse van celvorm in C. elegans embryogenese KU Leuven
Onderzoeken van cel vormen in de ontwikkeling van embryos, met C. elegans as modelorganisme. Dit is eerst en vooral een verderzetting van het werk dat ik gedaan heb in mijn master's thesis. Hier heb ik een pipeline ontwikkeld om de vorm van cellen te analyseren door ze te ontbinden in sferische harmonische functies. Deze technieken kunnen verder uitgewerkt worden, door ze terug te koppelen naar krachten en communicatie tussen cellen. Het ...
COLUMBO: Een innovatieve CRISPR gebaseerde toolbox voor genomische beeldvorming op celniveau in embryogenese en oncologie KU Leuven
Ontwikkeling van grootschalige, ultragevoelige, ruimtelijke (multi-)omica analysen om de biologie van cellulaire heterogeniteit in pre- en post-implantatie embryogenese op het niveau van één cel te onthullen en te begrijpen KU Leuven
De ontwikkeling van cellulaire heterogeniteit tussen genetisch identieke cellen na de bevruchting is een belangrijk proces van celtype specificatie en normale embryonale ontwikkeling. Deze vroegste levensfasen blijven echter slecht begrepen omdat singlecel sequencing methoden een lage moleculaire gevoeligheid hebben, last hebben van technische ruis, en ruimtelijke cellulaire en moleculaire informatie verliezen die fundamenteel inzicht in ...
Ontrafelen van de mechanismen van chromosomale instabiliteit tijdens vroege embryogenese. KU Leuven
Het algemene doel van dit proefschrift is om de mutatieprocessen te begrijpen die zich voordoen tijdens de vroege embryonale ontwikkeling. We streven ernaar om de incidentie van deze mutatieprocessen in normale en abnormale cleaving embryo's bloot te leggen. We hebben aangetoond dat rundvee- en menselijke embryo's dezelfde handtekening van aneuploïdie dragen. Daarom zullen we in het kader van dit project runder als diermodel gebruiken om ...