Titel Promotor Affiliaties "Korte inhoud" "Meer snelle en accurate identificatie van ( zoönotische ) Salmonella serotypes onderworpen aan een officiële controle bij pluimvee en varkens" "Kathleen Marchal" "Vakgroep Plantenbiotechnologie en Bio-informatica" "In het kader van de strijd tegen zoönotische Salmonella is het cruciaal om snel serotypen die niet kunnen besmetten de voedselketen te identificeren. De klassieke methode voor serotypering door agglutinatie op een na het Kauffmann-Le Minor Scheme is tijdrovend en vereist zorgvuldig opgeleid personeel. Het is om deze redenen dat deze methode volledig beheerst in slechts één laboratorium in België (Human NRC, WIV). Ons project bestaat uit 5 uitdagingen: 1) De ontwikkeling van een innovatief moleculaire methode die snel, goedkoop eenvoudig te implementeren en kunnen de meest geïsoleerde serotypen van varkens- en pluimvee identificeren België 2 zullen) Deze methode zal modulair zijn teneinde de reagentia verlagen ook mogelijk om serotype identificaties in functie van de evolutie van de wet of van een wijziging in de incidentie van een serotype 3 toevoegen of terugtrekken) Deze methode wordt gevalideerd volgens de criteria van ISO17025 en ISO22119 4) a beslissingsondersteuningssysteem (DSS) via de baan kunnen de ruwe gegevens automatisch interpreteren worden ontwikkeld ordeer gemakkelijker uitvoering van de werkwijze in de eerste regel laboratoria. De resultaten worden verzameld in een Dbase waardoor de controle van de serotypen 5) Deze methode zal worden overgedragen aan de eerste lijn laboraties (bepaling van de inrichting + training gegeven in het laboraties)" "Het in kaart brengen van de risico’s van antibioticaresiduen, antibioticaresistentiegenen en pathogenen bij gebruik van varkensmest in de landbouw" "Voedselveiligheid, Technologie en Voeding" "Centrale onderzoeksvraag/doelJaarlijks wordt circa 60 kiloton stikstof onder de vorm van varkensmest op Vlaamse landbouwgronden uitgereden, ook op gronden waarop groenten gekweekt worden. Als men op een varkensbedrijf antibiotica toedient, rijst de vraag in welke mate de varkensmest van dat bedrijf risico's inhoudt qua verspreiding van antibioticaresiduen en antibioticaresistentiegenen in het milieu. In de  varkenssector heeft men ook te maken met zoönotische pathogenen zoals Salmonella. In dat verband stelt zich de vraag in welke mate deze bacteriën in de bodem kunnen overleven na het uitrijden van de mest. Het onderzoeksproject VARMEST heeft tot doel te verhelderen of en zo ja, op welke wijze varkensmest veilig gebruikt kan worden in de tuinbouw.  OnderzoeksaanpakHet project is inmiddels afgewerkt. Qua aanpak is er in eerste instantie een vloeistofchromatografische/ massaspectrometrische multi-residu methode ontwikkeld en gevalideerd voor de detectie van antibioticaresiduen in mest- en bodemstalen. Vervolgens hebben we mest en bemeste bodems gescreend op antibioticaresiduen, antibioticaresistentiegenen en pathogenen. Dat gebeurde op meerdere tijdstippen. De mest analyseerden we voor het moment van uitspreiding. Van de bodem zelf namen we stalen omiddellijk voor en onmiddellijk na bemesting, en ook op één maand, twee maanden en vier maanden na de bemesting (dat laatste dus rond het oogsten). Tot slot brachten we de impact van mestverwerkingstechnieken op de bedoelde sanitaire risico's in kaart. Hiertoe analyseerden en vergeleken we stalen van de ruwe mest en stalen van de verwerkte mest.Relevantie/ValorisatieDe resultaten tonen aan dat hoge concentraties aan antibioticaresiduen in varkensmest aanwezig kunnen zijn die dan ook na bemesting in de landbouwgrond detecteerbaar kunnen zijn tot na de oogst. Dit blijkt echter sterk afhankelijk te zijn van het antibioticum en het bodemtype. De  aanwezigheid van antibioticaresistentiegenen in varkensmest was echter vergelijkbaar voor varkens die antibiotica kregen als voor varkens die geen antibiotica toegediend kregen. Hoewel de geselecteerde antibioticaresistentiegenen reeds aanwezig waren in de bodem voor bemesting, werd toch een stijging waargenomen voor het merendeel van de geselecteerde antibioticaresistentiegenen meteen na bemesten. Deze stijging werd gevolgd door een graduele daling naar de beginniveaus op moment van oogst. Deze resultaten geven aan dat de input van antibioticaresistentiegenen via bemesting belangrijker is dan de selectiedruk uitgeoefend door de antibioticaresiduen aanwezig in de mest. Pathogenen, aanwezig in de mest, waren één maand na bemesting niet meer aantoonbaar in de bodem.  Tot slot werd aangetoond dat biologische mestverwerking globaal gezien zorgt voor een lichte reductie van de concentratie van bepaalde antibioticaresiduen en antibioticaresistentiegenen en een aanzienlijke reductie van het aantal pathogenen aanwezig in het effluent.  " "De ontwikkeling van statistische methodologie voor de analyse van gegevens over microbiologische resistentie in isolaten van zoonotische dragers van dieren en voedsel." "Marc AERTS" "Centrum voor Statistiek" "Op basis van de Europese richtlijn 2003/99/EC dienen de lidstaten van de Europese Unie elk jaar gegevens te verzamelen, te analyseren en te rapporteren aan de Europese Commissie, over zoonosen, zoonotische dragers en antimicrobiologische resistentie, en uitbraken van voedselvergiftiging . Deze informatie wordt gepubliceerd door EFSA in de Community Summary Reports, om trends in het voorkomen van zoonotische dragers en de bronnen van humane infecties te identificeren. Lidstaten zijn verplicht om het voorkomen van antimicrobiologische resistentie in Salmonella, Campylobacter, E. coli en Entercocci van dieren en voedselproducten te rapporteren. De doelstelling van dit project is het ontwikkelen van statistische methodologie voor de analyse van temporale trends in the data over antimicrobiologische resistentie." "Voedselveiligheidsrisico's van zaden en productieprocessen van gekiemde zaden" "Voedselveiligheid, Technologie en Voeding" "Centrale onderzoeksvraag/doelKiemgroenten zoals luzerne- en preischeuten, en hun zaden, staan centraal in dit voedselveiligheidsonderzoek. We zoeken antwoord op de vragen: In welke mate kunnen Salmonella en verotoxineproducerende E. coli’s (STEC) overleven op zaden van kiemgroenten? Hoe is de effectiviteit van de monsternameplannen en van de heden beschikbare detectiemethoden voor Salmonella en STEC op zaden van kiemgroenten en de gekiemde zaden (scheuten)? Valt hier te optimaliseren? Welke efficiëntie hebben de decontaminatietechnieken voor de reductie van Salmonella en STEC op zaden van kiemgroenten, en wat is het effect ervan op de natuurlijke flora? Ten slotte heeft dit project ook als doel om de ontwikkeling van Salmonella en STEC op te volgen in relatie tot de van nature aanwezige competitieve flora,  inclusief indicatororganismen zoals generieke E. coli, op kiemzaden doorheen de productieketen van gekiemde zaden (ontwikkelingsfase, opslag in de koude keten en vermarkten).OnderzoeksaanpakEr is in samenwerking met de projectcoördinator UGent gefocust op luzerne- en preischeuten die het grootste vermarkte volume uitmaken in België. De eerste fase was het vastleggen van de methodologie voor detectie, isolatie en kwantificatie van zoönotische pathogenen (STEC O157 en Salmonella), in zaden, in gekiemde zaden en in (gebruikt) irrigatiewater. We hebben de overleving van de pathogenen op beënte zaden vastgelegd op een periode van een volle twee jaar. We hebben zowel de overleving op zaden als de evolutie van STEC O157 en Salmonella én van de aanwezige competitieve flora gemonitord tijdens productie en distributie van de gekiemde zaden. Om professionele kweekomstandigheden te simuleren is op ILVO een eigen productieproces van gekiemde zaden in pilootschaal met behulp van roterende drums gerealiseerd. Diverse decontaminatietechnieken voor zaden alsook antimicrobiële agentia voor desinfectie van het irrigatiewater zijn geëvalueerd op hun potentieel tot reductie van pathogenen (en competitieve flora) op de zaden en gekiemde zaden. Hierbij is telkens rekening gehouden met de impact op kiemkracht en opbrengst.Relevantie/ValorisatieDe belangrijkste conclusie is dat de initiële microbiologische kwaliteit van het zaad het fundament is   voor een voedselveilig kiemproces in de sector kiemgroenten. De zoönotische pathogenen kunnen namelijk gedurende vele jaren op de zaden voor de productie van kiemgroenten overleven en zij maken dus een heel grote kans om uit te groeien tijdens het ontkiemingsproces. Een effectieve antimicrobiële behandeling tijdens het kiemproces die substantieel de uitgroei van pathogenen afremt (en tegelijk het kiemproces niet ongunstig beïnvloedt) is in dit project helaas niet gevonden. Dat betekent dat de  monitoring tijdens het kiemproces essentieel blijft om besmettingsproblemen vroegtijdig op te sporen en te voorkomen dat besmette eindproducten in de handel worden gebracht. Onze onderzoeksresultaten zijn inmiddels voorgesteld op verschillende internationale congressen en aan de European Sprouted Seeds Association. Er zijn ook verschillende wetenschappelijke publicaties gepland. Een praktische valorisatie is ten slotte dat ILVO na de uitvoering van dit project beschikt over een pilootkieminstallatie met drie trommels die voldoet aan de bioveiligheidsvereisten en aan de machinerichtlijn. De hoeveelheid kiemgroente die hierin gekiemd kan worden is ongeveer 1/100 in vergelijking met een industriële roterende installatie.  Financiering FOD Volksgezondheid, Veiligheid van de voedselketen en Leefmilieu Externe partner(s)UGent" "Wiskundige en statistische methode voor bacteriologische risico vaststelling en besmettelijk ziektemodel." "Marc AERTS" "Centrum voor Statistiek, Centrum voor Statistiek" "Dit doctoraat is gemotiveerd door het interdisciplinaire METZOON-project (R-04/003-METZOON)en is gefinancierd door de Belgische overheid. METZOON is een acroniem voor de ontwikkeling van een methode voor kwantitatieve beoordeling van zoönotische risico's in België, toegepast op Salmonella in varkensvlees. Het hoofddoel van het project is de ontwikkeling van een kwantitatieve microbiële risicobeoordeling (QMRA), om in te schatten wat het risico is op menselijke salmonellose door middel van consumptie van varkensvlees, waarmee mitigatiestrategieën door middel van 'what-if' scenario-analyse worden getest. Dit proefschrift presenteert de nieuw ontwikkelde QMRA evenals de scenario-analyse. Een belangrijk aspect van het kwantificeren van het microbiële risico bestaat uit de beoordeling van de dosis-respons relatie. Dit is de relatie tussen de hoeveelheid opgenomen microbiële organismen en een specifiek resultaat, zoals een infectie of ziekte. We ontwikkelden een nieuwe dosis-ziekte model voor menselijke salmonellose, met gebruikmaking van gegevens over ziekteverspreiding, rekening houdend met de verschillende bronnen van heterogeniteit en onzuivere gegevens. Daarnaast hebben we nieuwe statistische methoden voorgesteld om QMRA┌s te ondersteunen. In het bijzonder hebben wij voorgesteld de raming van epidemiologische parameters rechtstreeks uit te voeren op basis van serologische gegevens die gebruik maken van de onderliggende mengselmodellen. Ten slotte leggen we ook epidemiologische toepassingen voor van kwantiele regressie en stellen verschillende methodologische uitbreidingen voor om een schatting te maken van (a) vloeiende isotone kwantielcurves, (b) vloeiende kwantieloppervlakten en (c) vloeiende niet-kruisende kwantielcurves." "Overleving van virulentie van de zoönotische pathogenen Salmonella en E. coli O157 in serreteelt van botersla" "Voedselveiligheid, Technologie en Voeding" "Centrale onderzoeksvraag/doelZoönotische pathogenen (dit zijn humane ziektekiemen overgedragen door dieren) kunnen overgaan op groenten. Als ze voorkomen op rauwe of minimaal geconserveerde groenten (IVde gamma) kunnen ze een risico vormen voor de volksgezondheid. Dat blijkt uit een aantal recente uitbraken geassocieerd met deze voedingsproducten. Deze studie focust op bladgroenten, meer bepaald op botersla als model. De onderzoeksvragen zijn: In welke mate zijn de meest voor de hand liggende insleeproutes voor zoönotische pathogenen bij een teelt onder glas, namelijk  zaad en irrigatiewater, verantwoordelijk voor het optreden van de bewuste pathogenen op de plant? Hoe overleven en gedragen zich de zoönotische pathogenen Salmonella en  E. coli O157 op of in de plant?  In welke mate is het aangewezen om naast plantquarantaine-organismen en plantpathogenen ook te screenen op zoönotische pathogenen in zaad en/of pootgoed en beregeningswater?  OnderzoeksaanpakILVO brengt 2 evidente besmettingsbronnen in kaart: zaad/kiemplanten en beregeningswater dat de bovengrondse plantendelen kan bereiken. Wij onderzoeken de overleving en verspreiding van de zoönotische pathogenen vanuit zaad naar de kiemplanten en de overleving in begietingswater met verschillende organische belasting.  In een volgend deel van het onderzoek observeren we het gedrag en de humane virulentie van Salmonella en E. coli O157 op botersla met aandacht voor verschillende factoren (groeistadia, pathogene stam, epifytisch versus endofytisch contact, beschadiging).  Diverse externe condities die ook in de praktijk voorkomen zijn in de experimentele setting opgenomen. Wij voeren artificiële besmettingen uit  met Salmonella en E. coli O157.  Er wordt zowel gewerkt met natuurlijke, virulente stammen als met avirulente stammen. Dat doen we om bioveiligheidsredenen (besmettingsproeven van volledige planten in fytotron) en om het effect van natuurlijke virulentie van deze pathogenen op het gedrag op de plant als habitat na te gaan via detached leaf assays. Verder maken we gebruik van bioluminescente lux-gelabelde mutanten zodat we de lokalisatie in de plantendelen beter kunnen opvolgen.  Relevantie/ValorisatieDit project verheldert de omstandigheden waaronder Salmonella en  E. coli O157 op botersla in serreteelt kan overleven en voorkomen.  Er komt met name duidelijkheid inzake insleeproutes zoals zaad en irrigatiewater.  Het voedselveiligheidsrisico met betrekking tot zoönotische pathogenen op sla valt beter in te schatten met de verworven data. Ten slotte kan de vraag beantwoord worden of naast plantquarantaine-organismen en plantpathogenen ook moet gescreend worden naar zoönotische pathogenen in zaad en/of pootgoed en beregeningswater.   Externe partner(s)Ugent - Fac. Bio-ingenieurswetenschappen" "Statistische evaluatie van de reductie van Salmonella in dierpopulaties in de Europese Lidstaten." "Marc AERTS" "Centrum voor Statistiek" "Het Europees Voedselagentschap verzamelt jaarlijks informatie van zoonoses en antimicrobiologische resistentie van alle Europese lidstaten. Het objectief van dit project is de analyse van de trend in het voorkomen van zoonotische agenten en de bronnen van menselijke infecties, om zo de waarschijnlijkheid te bepalen waarmee de Europese lidstaten de vooropgestelde vermindering zullen behalen. De dierpopulaties in deze studie zijn braad- en legkippen. Voor braadkippen is de doelstelling een voorkomen van 1% (of minder) van positieve Salmonella flocks tegen het einde van 2009. Voor de legkippen is de doelstelling is een jaarlijkse reductie tot 2% (of minder) positieve Salmonella flocks tegen Februari 2011. In dit project bieden we statistische ondersteuning aan het Europees Voedselagentschap voor de evaluatie van deze doelstellingen." "Kwantitatieve microbiële risico-analyse betreffende water in de primaire groentensector" "Wim Vanden Berghe" "Vakgroep Fysiologie, Karolinska Institute, Maastricht University, Heinrich Heine University Düsseldorf, Sciprom (Switzerland), Institut National de la Recherche Agronomique, French National Institute for Agricultural Research, University of Reading" "In dit doctoraat sonderzoek zal enerzijds aandacht besteed worden aan de randvoorwaarden voor gebruik van (irrigatie)water tijdens de teelt en na -oogstbehandelingen van groenten en fruit. Water kan immers een transmissieroute zijn van ziekteverwekkende agentia. Naast bacteriële zoönotische pathogenen zoals Salmonella, VTEC of Campylobacter zijnook virussen (bvb. Norovirus, rotavirus) enterische pathogenen die via water, groenten en fruit kunnenbesmetten. Methoden zullen worden geïmplementeerd voor detectie van deze pathogenen, alsook toegepast worden op diverse types (irrigatie) water. De resultaten zullen bijdragentot het inschatten van het risico van water als contaminatiebron van microbiologische gevaren voor groenten en fruit. Anderzijds zullen bestaande technologieën, welke kunnen dienen als interventiemaatregelen op microbiologisch vlak voor de primaire sector, worden uitgetest en dit alles binnen een bepaald wettelijk kader."