Titel Promotor Affiliaties "Korte inhoud" "Peptide derived diagnostics and therapeutics." "Liliane Schoofs" "Dierenfysiologie en Neurobiologie" "In het post-genoom tijdperk worden diverse omics strategieën beschouwd als de heilige graal voor de creatie van oplossingen voor moeilijk geneesbare ziekten. Mijn team binnen het labo Functionele Genomics en Proteomics maakt vooral gebruik van proteomics, peptidomics en metabolomics voor het ontrafelen van ziekteprocessen. Eiwitten, peptiden en metabolieten zijn immers de ultieme eindproducten van onze genen en het zijn deze moleculen die alle processen (en dus ook alle ziekteprocessen) in ons lichaam regelen. Daarom zijn inzichten in de relatie van deze moleculen met ziekten van uitermate groot belang voor de ontwikkeling van nieuwe medicijnen en diagnostica.Mijn onderzoek spitst zich toe op 3 uitdagende ziekten van de 21ste eeuw: kanker, neuro-degeneratie en infecties met antibiotica resistente bacteriën (ziekenhuisbacterie). Het onderzoek bestaat telkens uit 3 fasen: in de eerste fase worden in onze onderzoeksgroep potentiële eiwitten, peptiden of metabolieten geïdentificeerd met therapeutisch of diagnostisch potentieel; in de tweede fase wordt het therapeutisch of diagnostisch potentieel nagegaan en gevalideerd in samenwerking met andere onderzoeksgroepen (vaak klinische); tenslotte wordt in de derde fase klinisch onderzoek opgestart in samenwerking met een farmaceutisch of biotech bedrijf, al dan niet met de hulp van een “Clinical Research Organization (CRO)”.  " "Ontwikkeling van MISH/UPSAS gebaseerde diagnostica" "DNA-methylatie is een krachtige biomarker in vergelijking met RNA en eiwit biomerkers. De laatste jaren worden methylatie biomerkers veel gebruikt voor onderzoek en voor de ontwikkeling van nieuwe diagnostische assays en ontwikkeling van nieuwe therapeutica voor kanker en een aantal andere aandoeningen. Tot op heden is detectie van methylatie beperkt tot de analyse in celmengsels met technieken zoals methyl-specifieke PCR (MSP) en bisulfiet sequencing. DNA-methylatie is celtype-specifiek. Bij het gebruik van bovenstaande technieken wordt er geen rekening gehouden met de histologische context, waardoor vaak essentiële celtype specifieke informatie verloren gaat. Aan UGent werd een nieuwe diagnostische methode “ethylation in situ hybridisatie”(MISH) ontwikkeld, die het mogelijk maakt om methylatie veranderingen in individuele getransformeerde cellen te identificeren. Nu willen we de technologie verder uitwerken tot een stadium dat een spin-off bedrijf kan worden opgestart. Dit omvat een aantal uitdagingen. Ons doel in dit Advanced project is: (1) Software te bouwen om probes efficiënter te ontwerpen en de kosten voor probe-productie te reduceren, (2) Standaardisatie van de methode voor routine / in service toepassing op FFPE stalen, (3) Een technische validatie bekomen dat de methode enerzijds werkt voor toepassing in uitstrijkjes en anderzijds voor detectie van een combinatie van biomarkers (bredere markt), (4) Een portfolio van testen ontwikkelen die na het project verder ontwikkeld kunnen worden tot producten (via co-ontwikkeling of via licenties), (5) Een financieel plan en een business plan uitwerken en een spin-off team bijeen brengen." "360° Diagnostics: Het ontwikkelen en testen van 360° meetinstrumenten voor soft skills Onderzoeksgroep(en)" "Gert Vanthournout" "Onderzoekscentrum een Leven Lang Leren en Innoveren" "PROBLEEMSCHETS Zowel organisaties als beleidsmakers zien in soft skills een cruciale factor voor het behouden of verwerven van een ‘competitive edge’ en voor het stimuleren van maatschappelijke en economische innovatie. Onderzoek toont echter aan dat lerenden hun eigen soft skills overschatten en het belang ervan voor hun inzetbaarheid onderschatten (Succi & Canovi, 2020). Bedrijven erkennen het belang van soft skills, maar worstellen met het in kaart brengen ervan. Onderzoekscentrum een Leven lang Leren en Innoveren (OLLI, AP Hogeschool) werkt sinds 2018 aan een instrumentarium rond de ontwikkeling van soft skills voor studenten en werknemers. Die ontwikkeling gebeurt via verschillende projecten die op elkaar verder bouwen. Kickstart Your Soft Skills (KYSS; ESF transnationaal) ontwikkelde een zelfrapportagevragenlijst om 16 soft skills in kaart te brengen bij studenten en werknemers. 360° Learning (PWO) ontwikkelde een 360° leeromgeving en onderzocht hoe de zelfrapportage uit KYSS kon worden uitgebreid tot een 360° aanpak met feedback van derden. Applied 360 verkende hoe de 360° leeromgeving tijdens de stagepraktijk van hogescholen kan worden ingezet. Onderzoeksresultaten van deze 3 projecten en noden bij huidige gebruikers in het Hoger Onderwijs vormen de aanzet voor dit nieuwe project. Daarin bundelen we vraagstukken rond het meten en rapporteren van soft skills en trachten we via bijkomend onderzoek het 360° instrument verder te ontwikkelen. Concreet pakken we 2 problemen aan: 1) Het meetinstrument dat soft skills vanuit een 360° invalshoek in kaart brengt is nu beperkt tot één instrument (vragenlijst). Vanuit gebruikers komt de vraag om het arsenaal aan beschikbare meetinstrumenten uit te breiden met vb. observatiemogelijkheden of input vanuit portfolio. 2) Het 360° instrument bevat een prototype van een feedbackdashboard dat scores en feedback van verschillende betrokkenen integreert. Dat dashboard is nu slechts rudimentair ontwikkeld wat de bruikbaarheid en toegankelijkheid beperkt. ONDERZOEKSVRAGEN 1) OV1: Kunnen we (3) valide en betrouwbare meetinstrumenten voor 360° diagnosticeren van soft skills ontwikkelen? Hoe percipiëren gebruikers dit? 2) OV2: Kunnen we de soft skill diagnose van verschillende belanghebbenden op een toegankelijke manier presenteren via een digitaal dashboard? Hoe percipiëren gebruikers dit dashboard? METHODOLOGIE Voor het beantwoorden van de onderzoeksvragen, zetten we onderzoek op dat de methodologie van Educational Design Research (EDR;(McKenney & Reeves, 2014) volgt. 1) OV1: Desk onderzoek & verzamelen good practices; aftoetsen concepten met stagebegeleiders (N>10) en mentoren (N>10) via focusgroep gesprekken, gebruikersonderzoek bij studenten (N>20), stagebegeleiders (N>10) en mentoren (N>10) via focusgroep gesprekken. 2) OV2: Gebruikersonderzoek bij studenten (N>20), stagebegeleiders (N>10) en mentoren (N>10) via think alouds en interviews." "3D printen van point-of-care diagnostica gedreven door capillaire flow" "Rob Ameloot" "Membraanscheidingen, Adsorptie, Katalyse en Spectroscopie voor Duurzame Oplossingen (cMACS), Maakprocessen en -Systemen (MaPS), Mechatronica, Biostatistiek en Sensoren (MeBioS)" "Snelle diagnostische testen in de nabijheid van de patiënt, zogenaamde point-of-care (POC) tests, zijn essentieel in het voorzien van gezondheidszorg wanneer een volledig uitgerust labo niet toegankelijk is. In ontwikkelingslanden zouden geschikte POC diagnostica miljoenen levens per jaar kunnen redden door het vroeg vaststellen van een beperkt aantal behandelbare condities zoals geïdentificeerd door de World Health Organization (WHO). Omwille van een inverse correlatie tussen het aantal geredde levens en de vereiste diagnostische infrastructuur heeft de WHO richtlijnen gedefinieerd die het belang onderstrepen van goedkope wegwerpdiagnostica die te gebruiken zijn met een minimum aan stappen afhankelijk van de gebruiker en zonder externe apparatuur. Het doel van dit project is om gevoelige tests gebaseerd op chemische amplificatie te ontwikkelen in een microfluidisch format enkel gedreven door capillariteit en in overeenstemming met deze richtlijnen. Een radicaal nieuwe methode wordt voorgesteld om dergelijke mon olithische passieve microfluidics te fabriceren, namelijk via 3D printen." "Innovatieve celdood diagnostica om intensieve zorg patiënten te stratificeren voor nieuwe ferroptose of pyroptose interventie strategieën" "Tom Vanden Berghe" "Celdood signalisatie (CDS), Centrum voor Oncologisch Onderzoek (CORE), Laboratorium Experimentele geneeskunde en Pediatrie (LEMP)., Pathofysiologie" "De complexiteit van levensbedreigende ziekten op intensieve zorgen vraagt in wezen om een 'gepersonaliseerde' aanpak. Orgaanfalen en sepsis zijn belangrijke schadelijke factoren bij levensbedreigende ziekten, en worden fundamenteel aangedreven door een zelfversterkend samenspel van celdood en ontsteking. Dit proces ligt aan de basis van dynamische ziektefluctuaties en heterogeniteit op de intensieve zorgen, wat de inconsistente resultaten gedeeltelijk kan verklaren. Patiënten met een vergelijkbare klinische presentatie hebben doorgaans verschillende cellulaire en moleculaire reacties ten gevolge van individuele verschillen en onderliggende comorbiditeiten. Om deze vorm van heterogeniteit aan te pakken zijn innovatieve biomerkers met een goede voorspellende waarde nodig om subtypes van klinisch vergelijkbare patiënten te kunnen onderscheiden. Er is een al maar langer wordende lijst van circulerende schadelijke biomoleculen die gerelateerd zijn aan bepaalde vormen van gereguleerde niet-apopoptische celdood (meerbepaald ferroptotische en pyroptotische celdood), die als geneesmiddelendoelwit kunnen dienen en die het mogelijk maken om intensieve zorg patiënten te stratificeren. We hebben reeds ontdekt dat wanneer ferroptose of pyroptose als therapeutisch doelwit gebruikt worden, er een verhoogde overleving is in experimentele modellen van multi orgaanfalen of septische shock. Om de opvolging van klinische interventiestudies mogelijk te maken, zijn realtime diagnostica voor deze schadelijke celdoodprocessen nodig. Dynamische monitoring van een panel van cytokines bij intensieve zorg patiënten toonde een prognostische waarde voor 30-daagse overleving, septische shock en orgaanschade. Om deze 'proof-of-concept data' naar een hoger niveau te tillen, willen we een translationele studie uitvoeren bij intensieve zorg patiënten door gebruik te maken van real-time immunodiagnostiek om ferroptose en pyroptose op te sporen; dit moet een snelle stratificatie mogelijk maken voor gerichte therapieën en zo orgaan/systemische dysfunctie en mortaliteit voorkomen. Om algemeen weefselletsel als gevolg van overmatige celdood op te sporen, hebben we ook een procedure geoptimaliseerd om plasma celvrij DNA (cfDNA) te episequeneren met behulp van real-time Oxford Nanopore- Technologie. Als potentieel toekomstig aanvullende tool willen we de diagnostische kracht van nanoporeepisequenering bepalen om weefselspecifieke celdood te detecteren. Om de klinische en moleculaire vingerafdruk aanwezig in biofluids van de patiënt te verwerken, gebruiken we bovendien big data mining in deze fenotypisch goed gekarakteriseerde patiënten. Precisie-interventie gebaseerd op innovatieve real-time moleculaire diagnostiek en de daarbij horende stratificatie kan de diagnostiek op de intensieve zorgen de 21ste eeuw binnen loodsen en aangeven welke patiënten het meeste baat zullen hebben bij een bepaalde behandeling." "Biofarmaceutische optimalisatie van PET diagnostica voor fibroblast activation protein (FAP)" "Pieter Van Der Veken" "Moleculaire Beeldvorming en Radiologie (MIRA), Medische biochemie, Medicinale chemie (UAMC)" "Fibroblast activation protein (FAP) is een serine protease dat tot expressie komt op stromale cellen van ruim 90% van alle epitheliale tumoren. Daarnaast komt het voor in pathologische lesies waarin weefselremodellering optreedt. FAP is zo goed als afwezig in normale, gezonde weefsels. FAP wordt als therapeutisch target bestudeerd en, recenter, ook als biomerker: niet enkel in de oncologie, maar ook in bijvoorbeeld verschillende types fibrose en in cardiovasculaire aandoeningen. UAntwerpen heeft een toegekend patent voor de enige tot op heden bekende oraal biobeschikbare, zeer selectieve remmers van FAP (US9346814 and EP2804859). Eén van de verbindingen in dit patent (UAMC1110) krijgt uitgebreid aandacht als een potentieel therapeuticum, en ook als structurele basis voor diagnostische probes. Ook aan de UAntwerpen loopt onderzoek naar UAMC1110 derivaten die hun voornaamste toepassing in de diagnostiek hebben. Een VLAIO-O&O project met HistoGeneX werd recent geïnitieerd, waarbij fluorescente en colorigene UAMC1110 derivaten gebruikt worden om onco-biopten te karakteriseren. De aanvragers van dit project willen de aanwezige expertise in dit domein verder gebruiken voor de aanmaak van FAP-targetende PET probes die gebruikt kunnen worden in de diagnostiek." "Ontwerp en ontwikkeling van diagnostica en geneesmiddelen voor neurodegeneratieve, immunologische en microbiële ziekten" "Peter Verwilst" "Medicinale Chemie (Rega Instituut)" "Het onderzoek heeft twee belangrijke doelen:1) De ontwikkeling van (fluorescerende) merkers om biomarkers in neurodegeneratieve ziekten zichtbaar te maken als onderzoekshulpmiddelen of diagnosticaIn dit deel van het werk worden fluorescerende moleculen ontwikkeld en geoptimaliseerd. De belangrijkste doelen zijn het verhogen van de biocompatibiliteit, stabiliteit, specificiteit en (om later in vivo beeldvormingstoepassingen mogelijk te maken) een geschikte roodverschoven fluorescentie. De belangrijkste biomarkers die van belang zijn, zijn bèta-amyloïde en tau-eiwitaggregaten (zowel oligomeren als aggregaten in een laat stadium), evenals tijdelijk tot expressie gebrachte reactanten die leiden tot geavanceerde glycatie-eindproducten (bijv. methylglyoxal).2) De ontwerp, synthese en verkenning van potnentiële small-molecule geneesmiddelen voor neurodegeneratieve en immunologische ziekten en antimicrobiële stoffenSynthetische verkenning en opheldering van structuur-activiteitsrelatiegegevens van verbindingen met als doel het ontwikkelen van leads voor drug targets. Een sterke nadruk ligt op ziekten die een belangrijke maatschappelijke behoefte hebben om te worden aangepakt (antimicrobiële resistentie, bepaalde virussen, kankerimmunotherapie-adjuvantia, enz.)." "Platform voor mycotoxine technologieën en diagnostica (MYCO-TECH)" "Sarah De Saeger" "Vakgroep Pathobiologie, Farmacologie en Bijzondere Dieren, Vakgroep Farmacologie, Toxicologie en Biochemie, Vakgroep Bioanalyse, Vakgroep Levensmiddelentechnologie, Voedselveiligheid en Gezondheid" "Mycotoxinen zijn giftige schimmelmetabolieten, die economische verliezen veroorzaken door contaminatie van voedsel en voeder. Consumptie van zowel voeder als voedsel bedreigen zowel de humane als dierlijke gezondheid op wereldwijde schaal. Recente studies hebben aangetoond dat 50% van alle gewassen wereldwijd gecontamineerd zijn met mycotoxinen met concentraties boven de toegestane maximum niveaus. Om deze reden zijn kwaliteitsvolle, high-throughput en innovatieve oplossingen om blootstelling aan mycotoxinen te reduceren en te controleren, de focus voor de toekomst. Met meer dan 25 jaar ervaring en knowhow omtrent mycotoxinen, is het volgende doel om een gevaloriseerd mycotoxine platform op te richten, genaamd Myco-Tech. Als one-stop-shop zal Myco-Tech gecertificeerde mycotoxine standaarden synthetiseren en leveren, waaronder mycotoxine derivaten, -conjugaten en herkenningselementen, die worden toegepast in diverse mycotoxine analyses en diagnostische tools. Aanvullend zal Myco-Tech customized mycotoxineanalyses aanbieden in voedsel, voeder en biologische stalen en tailor-made methodieken voor efficaciteitsonderzoek van mycotoxine-ontgiftende middelen." "De ontwikkeling van fluorescente merkers voor neurodegeneratieve ziekten als onderzoeks tools en lead verbindingen voor diagnotics" "Peter Verwilst" "Medicinale Chemie (Rega Instituut)" "Het doel van dit project is het ontwikkelen van een screening platform voor fluorescente moleculen om fluoroforen met een grote selectiviteit voor specifieke eiwit biomerkers met betrekking tot neurodegeneratieve ziekten te identificeren. De hits uit deze screen zullen dan verder ontwikkeld worden tot toepasbare fluorescente hulpmiddelen om onderzoek naar de ontwikkeling en progressie van neurodegeneratieve ziekten te ondersteunen." "3D Printen van Point-of-Care Diagnostica Gedreven door Capillariteit" "Rob Ameloot" "Membraanscheidingen, Adsorptie, Katalyse en Spectroscopie voor Duurzame Oplossingen (cMACS)" "Snelle diagnostische resultaten via Point-of-care testing (POCT) is essentieel voor de gezondheidszorg in ontwikkelende landen, maar de ontwikkeling van betere POCT’s is gebrekkig. De huidige standaard, laterale flow assays, is veelbelovend maar heeft niet de gewilde hoge sensitiviteit en kwantificering die een complexe (ELISA) assay te bieden heeft. In dit project, een laterale flow assay compatibel met complexe assays wordt ontwikkeld door (i) 3D printen van poreus materiaal voor complexe fluïdische netwerken aangedreven door capillariteit, (ii) ontwerpen van elementen die ons toelaat de vloeistofstroom te controleren en (iii) ontwikkelen van een ELISA assay in een ge3D-printe test. Dit concept heeft verscheidene voordelen: (i) autonome testen dankzij capillaire krachten, (ii) snelle ontwikkeling van prototypes en fabriceren van complexe netwerken dankzij 3D printen, (iii) sensitieve en kwantitatieve assays dankzij complexe netwerken en (iv) 3D printen is een schaalbaar en goedkoop. Op het einde van dit project zal een volledig 3D platform ontwikkeld zijn die snelle en goedkope ontwikkeling en fabricatie van diagnostische assays toelaat wat interessant is voor zowel wetenschappers, dokters als ondernemers."