Titel Promotor Affiliaties "Korte inhoud" "Epic Proteomics: een MS-gebaseerde parallelle analyse van histon epigenetica en proteïne-expressie." "Dieter Deforce" "Vakgroep Geneesmiddelenleer" "Door gebruik te maken van nieuwe instrumentele ontwikkelingen en de hierdoor mogelijke nieuwe data-analyse strategieën doel ik om voor het eerst de huidige kaart van de histoncode rechtstreeks te linken aan wijzigingen in het proteoom: een belangrijke tool voor fundamenteel en translationeel onderzoek." "Epigenetica en herprogrammering na nucleaire transfer van somatische cellen en mesenchymale stamcellen" "Ann Van Soom" "Vakgroep Interne Geneeskunde, Voortplanting en Populatiegeneeskunde" "Somatic cell nuclear transfer (SCNT) is de techniek bij uitstek om het mechanisme achter celdifferentiatie te onderzoeken door de epigenetische en structurele veranderingen te visualiseren die plaatsvinden tijdens de herprogrammering in de kern. Hoe gedifferentieerder de donorcel, hoe moeilijker de nucleaire herprogrammering. Om de efficiëntie van SCNT te verbeteren, worden ongedifferentieerde en epigenetisch gemanipuleerde mesenchymale stamcellen als donorcellen geëvalueerd." "Vasculaire functie en luchtverontreiniging: van epigenetica tot genexpressie" "Tim NAWROT" Milieubiologie "Fijne stofdeeltjes worden onder de gemeenschappelijke noemer particulate matter (PM) gebracht. Afhankelijk van de grootte van de deeltjes worden ze in verschillende fracties ingedeeld. De jaarlijkse gemiddelde concentratie aan PM2,5 is in Europa het hoogst in België, Nederland, Noord-Frankrijk, het Duitse Ruhrgebied en de streek rond Milaan. Epidemiologische studies rapporteren dat blootstelling aan fijn stof in verband wordt gebracht met hart- en luchtwegklachten en vervroegde sterfte, onder andere door myocardinfarct. In recente aanbevelingen van de American Heart Association wordt de behandeling en preventie van acute cardiovasculaire effecten van luchtverontreiniging als een prioriteit beschouwd. Dit onderzoek richt zich op de effecten van fijn stof op cardiovasculaire eindpunten. Om op moleculair niveau meer inzicht te krijgen in de acute en chronische effecten van blootstelling aan fijn stof, bestuderen we de genexpressie van genen die een rol spelen bij atherosclerose. Het effect van fijn stof op epigenetische veranderingen, zoals DNA-methylatie, wordt ook nader onderzocht." "Benadering van gepersonaliseerde oncologie met DNA-methylatie-inferentie en computationele epigenomics" "Pavlo Lutsik" "Departement Oncologie" "Epigenomische profielen hebben onbenutte capaciteit voor diagnostische en prognostische oncologische toepassingen. Ik veronderstel dat computationele methoden om de belangrijkste dimensies te begrijpen die tumor-epigenomen vormen - cellulaire heterogeniteit, genoom-epigenoom-interactie, kankercel van oorsprong en niet-genetische evolutie - cruciale gepersonaliseerde inzichten zullen opleveren in de micro-omgeving van tumoren, expressie van somatische mutaties, kanker opkomst en progressie. Bovendien verwacht ik dat deze inzichten een hoog translationeel potentieel hebben voor klinische oncologie. Ik ben van plan de volgende drie doelstellingen na te streven: Doelstelling 1 is het ontwikkelen van nieuwe computationele methoden voor het integreren van bulk-DNA-methylomen met diepgaande eencellige epigenomische en transcriptomische gegevens voor de annotatie en kwantificering van cellulaire heterogeniteit in complexe tumoren. Doelstelling 2 is om de hiërarchie van epigenetische domeinen te begrijpen, hun kanker-geassocieerde veranderingen te relateren aan kiemlijn- en somatische genetische varianten op het niveau van één molecuul met lange metingen en deze te gebruiken om prioriteit te geven aan bruikbare doelen. Doelstelling 3 is om DNA-methylomen te gebruiken voor gepersonaliseerde modellering van kankercellen van oorsprong en evolutie, en benaderingen af te leiden voor op cellen van oorsprong gebaseerde patiëntenclassificatie, evenals diagnostische en prognostische biomarkerontwikkeling. Het verenigende einddoel is om het gebruik van epigenomische gegevens voor precisie-oncologie te transformeren door middel van nieuwe computationele en kunstmatige intelligentiemethoden. Uiteindelijk streef ik in samenwerking met kankeronderzoekers en clinici naar meetbare AI-gestuurde voordelen voor het mechanistische begrip, de diagnostiek en de therapie van kanker." "Het epigenetisch legaat van paternale obesitas." "Adelheid Soubry" "Onderzoeksgroep Epidemiologie, Vrouw en Kind" " Bedoeling van het onderzoeksproject is het beter begrijpen van het epigenetisch legaat van paternale obesitas." "Evaluatie van de platworm Macrostomum lignano als een in vivo epigenetisch modelsysteem" "Colin Janssen" "Vakgroep Toegepaste Ecologie en Milieubiologie" "De globale DNA-methylatiestatus van de platworm Macrostomum lignano, het (transgenerationele) effect van inhibitoren van DNA methyltransferases en histon deacetylases op stamceldynamica en fenotypische eindpunten zullen onderzocht worden. RNAi zal aantonen wat de specifieke effecten van epigenetische wijzigingen op stamcellen zijn. verschillende chemische stoffen zullen worden gescreend op hun epigenetische effecten." "Het epigenetisch behoud van genomische integriteit door het p53 tumorsuppressoreiwit aan de hand van doelgerichte transcriptionele onderdrukking en stabilisatie van heterochromatinedomeinen." "Jean-Christophe Marine" "Vakgroep Biomedische Moleculaire Biologie" "p53 is de meest geïnactiveerd eiwit in humane kankers. Het werkt als een transcriptiefactor verantwoordelijk voor het merendeel van stress-responsen die cellen tegen transformatie. Ondanks grondige studies, is het p53-route niet volledig opgehelderd. Dit project onderzoekt p53-gemedieerde en histon-methyl-transferase-afhankelijke epigenetische inactivatie van genen en stabilisatie van heterochromatine chromosomale domeinen, en hopelijk leiden tot nieuwe epigenetica-gebaseerde humane kankertherapieën."