Titel Promotor Affiliaties "Korte inhoud" "Een Statistisch Kader voor de Spatio-temporele Analyse van Moderne Gegevenstypes in Epidemiologie en Ecologie" "Thomas Neyens" "Leuvens Biostatistiek en Statistische Bioinformatica Centrum" "Moderne dataverzameling resulteert veelal in complexe datasets met gedetailleerde spatio-temporele informatie over een natuurlijk fenomeen en vereist flexibele analysetechnieken. Zo wordt er in epidemiologische en ecologische studies steeds meer gebruik gemaakt van dataverzameling door burgers en/of moderne technologieën, zoals telemetrie, mobiele apps, beeldvorming, enz. In dit project zullen statistische methodes worden ontwikkeld om grote, spatio-temporele ecologische en epidemiologische datasets correct te analyseren. Twee hoofdstudies zullen gericht zijn op (i) het kwantificeren en voorkomen van en het corrigeren voor opportunistische sampling bias in burgerwetenschap en (ii) de integratie van trajectanalyse in geostatistiek. Hoewel statistisch van aard, zet dit project sterk in op interdisciplinaire samenwerking met epidemiologen en ecologen." "Moleculaire epidemiologie van HIV en hepaciviruses" "Philippe Lemey" "Laboratorium Klinische en Epidemiologische Virologie (Rega Instituut)" "De bestrijding van de verspreiding van pathogenen en hun geassocieerde ziektelast is een enorme uitdaging die volhardende onderzoeksinspanningen vergt en gedecideerde volksgezondheidsmaatregelen.De beschikbaarheid van genomische data is een belangrijke aanwinst in de karakterisatie van virale ontstaansgeschiedenissen en van de interactie tussen viral evolutie en de ecologische dynamica van de gastheer, inclusief het bepalen van de sleutelfactoren voor interspecies transmissies en de succesvolle epidemische verspreiding in de human populatie.In dit project zullen we de evolutionaire origine en epidemische ontstaansgeschiedenissen van twee belangrijke humane virussen onderzoeken: het hepatitis C virus (HCV) en het humaan immunodeficiëntievirus (HIV). Terwijl de zoonotische origine van HIV-1 duidelijk in kaart gebracht is, is een dierlijke populatie die HCV overgedragen heeft op mensen nog niet geidentificeerd. Geinspireerd door recente bevindingen over divergente hepacivirussen in knaagdieren, zullen we een uitgebreid onderzoek uitvoeren naar de hepacivirus diversiteit in verschillende Afrikaanse knaagdier species om inzicht te verkrijgen in de evolutionaire origine van HCV. Hiervoor zullen we sequentie data genereren uit een grote collectie van Afrikaanse knaagdier stalen en gedetailleerde fylogenetische en fylogeografische analyses uitvoeren.Alhoewel fylogenetische studies hebben bijgedragen tot ons inzicht in de vroege ontstaansgeschiedenis van HIV-1 groep M in de Democratische Republiek Congo (DRC), blijven historische schattingen inherent onzeker. Gemotiveerd door de mogelijkheid om dergelijke analyses te informeren met HIV-1 sequenties bekomen uit archivale stalen die decennia terug gaan in de tijd (en dus equivalent zijn aan moleculaire fossielen), stellen we als een tweede deel in dit project voor om een unieke, uitgebreide collectie aan archivale stalen uit het vermoedelijke hart van de pandemie in Centraal Afrika te onderzoeken. Daarnaast zullen we geadvanceerde fylogenetische reconstructie technieken uitbreidden om dateringen voor de origine van HIV-1 groep M te verfijnen, en om de dynamica in virale populatiegrootte en ruimtelijke verspreiding over tijd te reconstrueren. Het project zal experimenteel en computationeel werk integreren, en voor beide doelen, zullen we verder bouwen op samenwerkingen met experten in het specifieke veld." "Epidémiologie et impacts économiques de la fièvre aphteuse au Bénin." "Marc Kpodekon, Claude Saegerman, D. Berkvens" "Eenheid Veterinaire Epidemiologie en Biostatistiek" "De recentes etudes menees en Afrique de l'Ouest ont montre la presence et la circulation de differentes souches du virus de la fievre aphteuse. Ces etudes se sont effectuees en majorite sur des donnees retrospectives pouvant faire penser it des pertes d'informations. Aussi les informations zoo sanitaires donnees par l'Office Intemationale des Epizooties (OlE) sur cette zone et plus precisement sur Ie Benin, ne font etat que de suspicions. C'est ainsi qu'entre 2003 et 2006, 25813 suspicions ont ete recensees dans Ie pays selon les sources de la Direction de l'Elevage. C'est une maladie qui revetait peu d'importance pour les autorites veterinaires et les eleveurs, Cependant depuis quelques annees, la situation a change avec Ie constat d'une mortalite elevee chez les jeunes animaux. L'epidemiologie de la fievre aphteuse au Benin, ainsi que son impact socio-economique constituent encore des interrogations. Tout cela met cette pathologie dans une toute nouvelle perspective d'etude. A cet effet, l'etude epidemiologique de la maladie consistera it determiner i) les souches virales presentes, ii) l'incidence de la fievre aphteuse au Benin, iii) les facteurs favorisant la distribution et Ie maintien du virus, iv) la distribution spatiale, saisonniere et temporelie du virus, v) la presence et la duree du virus dans les produits animaux tels que Ie lait, la viande et les semences etc. L'etude se fera au nord du pays pour les bovins, les ovins, les caprins et la faune sauvage. L'etude sur les porcins se fera au Sud du Benin. Ce choix se justifie par la faible densite de bovins et l'absence d'animaux sauvages sensibles it la fievre aphteuse au sud du Benin. Aussi la quasi-totalite des troupeaux de bovins du nord possedent des petits ruminants. Les elevages de pores sont beaucoup plus concentres au sud en raison des croyances religieuses des populations du nord-Benin, Les troupeaux de bceufs ayant des petits ruminants, ainsi que les elevages de porcins seront echantillonnes et suivis it partir de la liste des eleveurs possedant au moins 10 tetes de ces especes, Cette liste sera obtenue avec l'aide des agents de terrain des zones retenues. En ce qui conceme la faune sauvage, les responsables des pares nationaux aideront it la capture et au suivi des animaux choisis. Quant it l'etude economique, e1le se fera sur les bovins. Des modeles mathematiques seront concus pour les differentes etudes qui seront menees en vue d'une meilleure estimation des differents parametres de I'etude." "ICP Connect - Masteropleiding epidemiologie" "Jean-Pierre Van geertruyden" "Instituut voor Globale Gezondheid (GHI)" "De Master Epidemiologie is uniek in Vlaanderen. Studenten verwerven de kennis, vaardigheden en competenties die nodig zijn om epidemiologisch onderzoek te ontwerpen en uit te voeren om de etiologie, preventie, screening, diagnose en behandeling van ziekten aan te pakken en om de gezondheid van mensen en populaties te verbeteren of te behouden. Drie gebieden van epidemiologie komen uitgebreid aan bod: infectieziekten, klinische en milieu-epidemiologie. Tijdens het eerste jaar ligt de focus op het opdoen van diepgaande kennis op het gebied van epidemiologie, statistiek en onderzoeksmethoden. Bovendien maken studenten kennis met de praktijk van epidemiologie door seminars en werkplekbezoeken bij te wonen. In het tweede jaar breiden studenten hun methodologische kennis uit in het vak Advanced Methods in Epidemiology, leren ze hoe ze theorie kunnen omzetten in praktijk in het vak Volksgezondheid, Beleid en Praktijk en richten ze zich op hun eigen onderzoek voor hun masterscriptie." "Moleculaire epidemiologie van invasieve pneumokokkenziekte" "Stefanie Desmet, Katrien Lagrou" "Laboratorium Klinische en Epidemiologische Virologie (Rega Instituut), Laboratorium voor Klinische Microbiologie" "Het afstudeerproject zal focussen op de optimalisatie van de Whole Genome Sequencing procedure voor Streptococcus pneumoniae stammen. Daarnaast streven we ernaar om de genomische gegevens te gebruiken voor verdere karakterisering en vergelijking van pneumokokken die zijn geïsoleerd gedurende verschillende tijdsperioden en locaties (inclusief andere landen). Ook het potentieel van genomische data in het voorspellen van gevoeligheid aan antibiotica zal onderzocht worden." "Een Analysekader voor de Evaluatie van de Epidemiologie van Respiratoire Pathologieën via Complexe Hiërarchische Datasets" "Thomas Neyens" "Leuvens Biostatistiek en Statistische Bioinformatica Centrum, Laboratorium Klinische en Epidemiologische Virologie (Rega Instituut), Academisch Centrum voor Huisartsgeneeskunde" "Triple Aim is een concept voor het duurzaam organiseren van zorg, waarbij drie doelen tegelijk worden nagestreefd: (i) het verbeteren van de ervaren kwaliteit van zorg, (ii) het verbeteren van de gezondheid van een bepaalde populatie (bv. diabetici), en (iii) het verlagen van de gezondheidszorgkosten per hoofd van de bevolking. Om de doelstellingen van Triple Aim op te volgen is een database met gezondheidsgegevens nodig. Intego, een Vlaams-Belgisch netwerk voor morbiditeitsregistratie in de eerstelijnszorg, biedt één van de meest uitgebreide databases met gezondheidsdata. Dit stelt ons in staat om de effectiviteit van interventies in de eerstelijnszorg te onderzoeken door de evolutie van de incidentie van ziekten te analyseren, wat het mogelijk maakt om de tweede doelstelling van Triple Aim te monitoren. Het uiteindelijke doel is om het Intego-netwerk te transformeren naar een algemeen gezondheidsmonitoringssysteem voor de verbetering van de eerstelijnszorg in Vlaanderen. Voor het opvolgen van de eerste en derde doelstelling van Triple Aim dient de Intego database gekoppeld te worden met andere databases. Patiëntbetrokkenheids platformen (bv. Helena®, Meplis®, ...) verzamelen informatie over de ervaringen van patiënten met de eerstelijnszorg, en gegevens over medische kosten worden verzameld in de database van het Intermutualistisch Agentschap (IMA). De koppeling van deze databases met de Intego-database zal een data-ecosysteem creëren dat we willen gebruiken als algemeen gezondheidsmonitoringsysteem om een duurzaam zorgsysteem in Vlaanderen te bekomen. Deze ‘Big Data’-evolutie van Intego zal echter verschillende uitdagingen met zich meebrengen. Dit doctoraatsproject zal zich richten op de evaluatie van de epidemiologie van bepaalde ziekten zoals luchtwegaandoeningen (bv. COPD, astma en longontsteking). Door veranderingen in de ICT van het elektronisch patiëntendossier dat voor Intego wordt gebruikt, zijn er momenteel twee verschillende epidemiologische datasets beschikbaar, namelijk één die gegevens bevat tot 2015 en de andere vanaf 2015. Een eerste doelstelling is daarom om de oudere dataset samen te voegen met de recente dataset om zo een inzicht te verwerven in de evolutie van bepaalde ziektes. Eén van de doelstellingen is om een beter begrip te krijgen van de vaccinatiegraad tegen pneumokokken in Vlaanderen. Dankzij deze koppeling van databases kunnen longitudinale analyses op epidemiologische data, verzameld over een periode van meer dan vijf jaren, uitgevoerd worden. Verder zijn we geïnteresseerd in het onderzoeken van de ruimtelijke dynamiek van specifieke epidemiologische uitkomsten (bv. ziekte-incidentie, vaccinatiedekking, enz.) over de 60 beschikbare eerstelijnszones in Vlaanderen, door gebruik te maken en het ontwikkelen van geostatistische en data science methodologieën. Een eerstelijnszone is een geografisch afgebakend gebied bestaande uit één of meerdere gemeenten dat wordt aangestuurd door een zorgraad. Eerstelijnszones zijn opgericht om het werk van lokale overheden, zorg- en hulpverleners beter op elkaar af te stemmen met als doel het creëren van een effectieve en kwalitatieve eerste lijn waar de burger centraal staat en die toegankelijk is voor iedereen. De belangrijkste uitdaging in het onderzoek is het koppelen van patiënt specifieke gegevens uit één database met bijbehorende gegevens uit de meest recente database. Sinds 2017 is er een vergrootte aandacht voor de studie van de impact van milieuverontreiniging op de gezondheid. Meer specifiek zijn we geïnteresseerd in hoe omgevingsfactoren (zoals fijn stof) ademhalingsaandoeningen en hun evolutie in de tijd beïnvloeden. Dit doctoraatsproject zal ook deze relatie tussen milieuverontreiniging en luchtweggezondheid verder onderzoeken met behulp van de Intego database in combinatie met andere databases." "Systeemsclerose en beroepsblootstelling aan silica of solventen: epidemiologie, de interactie tussen genetica en omgeving en de detectie van objectieve blootstellingsmerkers ter verbetering van risico-inschatting en preventie." "Ellen De Langhe" "Onderzoekscentrum voor Skeletale Biologie en Engineering" "Systeemsclerose is een zeldzame aandoening die kan ontstaan wanneer patiënten met een bepaalde erfelijke voorbeschiktheid worden blootgesteld aan specifieke omgevingsfactoren. De huidige literatuur beschrijft een link tussen systeemsclerose en beroepsblootstelling aan silica of oplosmiddelen. Door de zeldzaamheid van de aandoening blijven vele vragen onbeantwoord: vanaf welke kritische blootstellingsdrempel zal ziekte ontstaan? Is vooral de ernst van blootstelling gevaarlijk, of eerder de duur, of beiden? Via welk mechanisme leidt blootstelling tot systeemsclerose? Welke genetische factoren zijn belangrijk? Europa erkent dat het een topprioriteit is om meer inzicht te verkrijgen in de rol van de omgeving in het ontstaan van ziekte. Dit is relevant, want hierdoor is preventie mogelijk kan het aantal nieuwe gevallen verminderen. Inzicht in ziekte-mechanismen zal ook bijdragen tot de identificatie van nieuwe mogelijke behandelingen. In dit project zullen we een grote epidemiologische studie uitvoeren die de relatie tussen beroepsblootstelling en systeemsclerose onderzoekt. We zullen de genetische achtergrond van de patiënten bepalen en ingaan op de relatie tussen genetica, omgeving en ziekte-kenmerken. We zullen objectieve merkers van blootstelling evalueren. Met dit project zullen we een cruciale bijdrage kunnen leveren in het zo nodige onderzoek dat de link tussen omgeving en het ontstaan van ziekte blootlegt." "Mond-en Klauwzeer Epidemiologie en Vaccinologie in Ethiopie" "Jan Paeshuyse" "Dier en Mens (A2H)" "Ethiopië heeft de grootste vee-voorraden van Afrikaanse landen. Uit recente rapporten blijkt dat 56,71 miljoen stuks runderen, 29,33 miljoen schapen, 29,11 miljoen geiten en 54,5 miljoen kippen worden gevonden in Ethiopië (Agricultural Sample Survey 2015/16). Hoewel het land is begiftigd met deze rijkdom, is het toevallig de corridor van vele internationaal belangrijke dierziekten, waaronder mond- en klauwzeer (MKZ) (Ethiopië LMP Brief 3-2015). MKZ wordt veroorzaakt door een RNA-virus dat behoort tot de familie van de Picornaviridae, het geslacht Aphthovirus. Het virus infecteert gespleten hoefdieren en veroorzaakt hoge koorts gedurende ongeveer twee tot zes dagen, gevolgd door blaren in de mond en op de voeten die kunnen scheuren en kreupelheid veroorzaken. MKZ is een van de belangrijkste endemische grensoverschrijdende veeziekten in Ethiopië en andere ontwikkelingslanden met een groot sociaaleconomisch belang. Bovendien is mond- en klauwzeer wereldwijd een economisch belangrijke veeziekte en leidt het tot productieverlies, enorme kosten voor veterinaire diensten en beperkingen op de handel in dieren en dierlijke producten, zowel lokaal als internationaal (James en Rushton, 2002). Genetische heterogeniteit en diversificatie zijn belangrijke uitdagingen voor ziektepreventie door vaccinatie vanwege de selectie van mutanten die niet significant worden beïnvloed door de vaccin-geïnduceerde immuunrespons. Het volwassen FMDV-capside bestaat uit 60 kopieën van elk van de drie belangrijkste structurele eiwitten die VP1, VP2, VP3 en een kleiner polypeptide met de naam VP4 worden genoemd. Vooral in endemische settings onder sub-neutraliserende veldomstandigheden (als gevolg van een slechte vaccinatiedekking, onvoldoende vaccineffectiviteit en / of een slechte match van de vaccinstam met veldvirussen) is het verschijnen van varianten die resistent zijn tegen virusneutralisatie belangrijk. Vandaar dat het virus kan ontsnappen aan bescherming die wordt geïnduceerd door profylactische vaccins die worden gebruikt en die de ontwikkeling van bijpassende vaccins noodzakelijk maakt (Grazioli et al., 2013). Het voorval van nieuwe topotypen1 en ongecontroleerde verplaatsingen van dieren zijn enkele van de risicofactoren voor MKZ-uitbraken in Ethiopië (Bewket et al., 2012). In order to control and prevent FMD, the Ethiopian government considered FMD among priority diseases listed by Growth and Transformation Plan (GTP) 2 because of its major trade embargoes (Ethiopia-Livestock Master Plan Brief, 2015). To address this plan, the most appropriate control and prevention strategy is using vaccines against the circulating and new serotypes. Hence there is a need to isolate newly emerging SAT2 serotype viruses from outbreak areas, to characterize the circulating viruses on a genetic level, to study vaccine matching characteristics and to develop and evaluate a vaccine against the emerging serotype SAT2 in Ethiopia. This project aims to develop a rational approach for the design, production and evaluation of effective vaccines against circulating or new serotypes of foot-and-mouth disease virus in Ethiopia. The general objective is molecular characterization and sequence based variant identification of serotype SAT2 FMD viruses circulating in Ethiopia that can subsequently be used to develop protective vaccine to control the disease in the country in line with the countries Livestock master plan. Additionally Delineation of a functional immune response after FMD vaccination and identification of a predictive biomarker thereof in combination with pen-side diagnostic development will be performed. The project will be performed in Ethiopia(NVI) and Belgium(CODA-CERVA and Division Animal and Human Health Engineering laboratory of Host pathogen interaction." "Triazole resistentie in Aspergillus fumigatus: veranderende epidemiologie en invloed op ziekte progressie." "Biomedische MRI, Laboratorium voor Klinische Microbiologie" "Aspergilli zijn schimmels die alomtegenwoordig zijn in het milieu en een hele spectrum aan ziekten bij de mens veroorzaken, met inbegrip van invasieve levensbedreigende infecties bij immuungecompromitteerde gastheren, zoals patiënten met kanker of patiënten die een transplantatie hebben ondergaan. Triazole antifungale geneesmiddelen vormen de hoekstenen voor de preventie en behandeling van Aspergillus-gerelateerde ziekten, maar de wereldwijde opkomst van triazole resistentie vormt een bedreiging. Blootstelling van Aspergillus fumigatus aan azole fungiciden in het milieu wordt beschouwd als een belangrijke route van resistentie selectie. De doelstellingen van dit project zijn:1.- Een beter inzicht in de veranderende epidemiologie van azole resistente A. fumigatus en de betrokken resistentiemechanismen, door middel van surveillance en moleculaire analyse van resistente A. fumigatus isolaten in het kader van een internationaal netwerk (Aspergillus Resistance Surveillance working group van de ‘International Society of Human and Animal Mycologie, ISHAM’ en de ‘European Confederation of Medical Mycology ECMM’; coördinatoren: Prof dr Paul E. Verweij, Nederland; Prof dr Katrien Lagrou, België; Prof dr A. Chowdhary, India en Dr. SR Lockhart, USA). 25 centra hebben belangstelling om deel te nemen in deze surveillance. Deze centra zijn goed geografisch verspreid waaronder Europa, Midden-Oosten, Azië, Australië, Afrika en de Verenigde Staten.2.- Evaluatie van de invloed van resistentiemechanismen op de in vivo groei en progressie van ziekte in een bestaand muismodel van invasieve aspergillose aan de hand van multimodale beeldvorming en biomarker testen. De invloed van antifungale profylaxe/therapie alsook van het voorkomen van diverse Aspergillus stammen (co-infectie met zowel azole gevoelige als resistentie stammen) zal worden onderzocht.Het doel van dit onderzoek is om zowel de diagnose als de behandeling patiënten met invasieve aspergillose te verbeteren in een context van toenemende azole resistentie." "Remote sensing voor Epidemiologie in Afrikaanse steden." "Nicole Van Lipzig" "Geografie en Toerisme" "Hee algemeen wetenschappelijk doel van het  REACT-project is om van de stedelijke gezondheidsverschillen in epidemiologische data-arme landen beter te begrijpen, dit met behulp van remote sensing en ruimtelijke modellen."