Snelle histon PTM monitoring aan de hand van MS: het vullen van een leegte in pharmacoepigenetica.

Epigenetica heeft het hoofdpodium veroverd in de studie van ziektes zoals kanker, diabetes en neurodegeneratieve aandoeningen. Hierdoor ontstaat ook een nieuw veld dat focust op epigenetische veranderingen voor therapeutische doeleinden: pharmacoepigenetica. Vooral binnen de oncologie zijn er al verschillende inhibitoren van epigenetische enzymen (epidrugs) succesvol gebruikt voor behandeling. Al dertig jaar wordt de rol van DNA methylatie in kanker bestudeerd. De studie van histon modificaties loopt echter achterop omdat deze tot nog toe voornamelijk met antilichamen werd gedaan. Massaspectrometrie zou echter wel de histon code omvattend kunnen bestuderen. Wij hebben recent de data-onafhankelijke acquisitietechniek SWATH specifiek voor histonen aangepast (hSWATH). In dit project zal Sigrid Verhelst de transitie begeleiden van hSWATH als een fundamenteel onderzoeksinstrument naar een volwaardige toxico-epigenetische assay. Daarvoor zal ze focussen op (i) het vergroten van de doorstroom van stalen op het niveau van data acquisitie en (ii) op het niveau van data analyse, (iii) het bouwen van een componentbibliotheek op verschillende cellen en (iv) het klaarmaken van de assay voor GLP. Deze nieuwe toxicoepigenetische test en de data die eruit voortkomen zijn heel beloftevolle tools voor de farmaceutische industrie, voedingsleer, klinische diagnostiek,...