Ontdekking van somatische veranderingen in kankers door sequentiebepaling van het volledige genoom.

Hoewel genetisch onderzoek in kanker veel vooruitgang boekte in de laatste decennia, zien we dat vele somatische afwijkingen nog niet geïdentificeerd zijn. Een complete cataloog van alle genetische veranderingen in kanker op alle verschillende genetische niveaus, zou onze inzichten in tumorigenese drastisch verbeteren. Recent lanceerde 'Complete Genomics' een wereldwijde en absolute primeur door aan te kondigen dat ze vanaf 2009 menselijke genomen kunnen sequeneren voor minder dan 10000$. Het gastlaboratorium wist als 1 van de allereerste centra toegang tot de technologie te verwerven, en in het laatste kwartaal van 2009 zullen we drie volledige genoomsequenties ontvangen. Het betreft een germline DNA-staal, de primaire en recurrente tumor van een patiënte met ovariumcarcinoom. De doelstelling van dit project is na te gaan hoe betrouwbaar deze complete genoom-sequenties zijn. Dit zullen we doen door de 3 DNA-stalen van deze patiënte na te kijken met een tweede generatie sequencer (Nimblegen exon capture gevolgd door sequencing op de Roche 454 sequencer), met de allernieuwste SNP array (Illumina Human1M-Duo BeadChip) en microarrays (Illumina HumanT-12 Expression BeadChip). Op basis van preliminaire bevindingen, verwachten we dat de kwaliteit van de data zeer hoog is. Vervolgens zullen we de sequentie van de primaire tumor vergelijken met de germline sequentie, en die van de recurrente tumor met de primaire tumor. Via deze 'unbiased approach' verwachten we nieuwe genen of regio's te identificeren die een rol spelen in tumorigenese.

Trefwoorden:Cancer genomics, Full genomic sequencing, Clinical genetics, Next generation sequencing

Disciplines:Morfologische wetenschappen, Oncologie, Genetica, Systeembiologie, Moleculaire en celbiologie, Laboratoriumgeneeskunde, Medische systeembiologie