Ontdekking en prioritizatie van gen-regulatorische modules die oncogenese aansturen.

Kanker wordt veroorzaakt door genetische veranderingen in een cel. Normaal zijn mutaties in meerdere genen noodzakelijk om een normale cel te transformeren in een kankercel. Alhoewel next-generation sequencing (NGS) de ideale technologie is om alle variaties die zich voordoen in een kanker genoom te bepalen, toch blijven de identificatie van de driver mutaties onder de meestal honderden ontdekte mutaties en het ontcijferen hoe bepaalde combinaties van mutaties invloed hebben op cellulaire processen belangrijke uitdagingen in cancer genomics. Ons doel is het ontdekken van de regulatorische modules die het best een verband kunnen leggen tussen een bepaalde combinatie van (coderende en niet-coderende) mutaties en de afwijkende expressie profielen waargenomen in kankercellen. Onze strategie zal de analyse van genetische variatie (op de NGS gegevens) dus combineren met waargenomen genexpressie profielen (afkomstig van microarray-en RNA-Seq data) in een bepaalde tumor type en via analyse van gen transcriptie regulatie netwerken de modules die worden verstoord in oncogenese trachten te definiëren. Wat betreft genetische variatie zullen we ons concentreren op de twee belangrijkste klassen van kanker genen, namelijk transcriptiefactoren en signaal transductie moleculen, omdat mutaties in deze genen direct aanleiding geven tot veranderingen in genexpressie. Na benchmarking en optimaliseren van onze werkwijze op publieke datasets, zullen we ze toepassen om kanker modules onderliggend aan acute lymfoblastische leukemie en ovarium kanker te ontdekken.

Trefwoorden:Biological network, Module prioritization, Regulatory modules, Genetic variation, Next-generation, Cancer

Disciplines:Laboratoriumgeneeskunde, Palliatieve zorg en zorg rond het levenseinde, Regeneratieve geneeskunde, Andere basiswetenschappen, Andere gezondheidswetenschappen, Verpleegkunde, Andere paramedische wetenschappen, Andere translationele wetenschappen, Andere medische en gezondheidswetenschappen