Karakterisering van cis-regulatorische codes en netwerken in Drosophila door een combinatie van genetische perturbaties, digitale genexpressie en bioinformatica.

Genregulatie is onontbeerlijk voor de uitvoering van ontwikkelingsprogramma's, de vorming van cellulaire en evolutionaire diversiteit, en het ontstaan van ziekten. Recente ontwikkelingen in de regulatorische genomica hebben geleid tot nieuwe inzichten in bepaalde aspecten van transcriptionele regulatie, maar de eigenlijke kennis van de genomische cis-regulatorische code en transcriptionele netwerken blijft beperkt. het doel van dit onderzoeksproject is om transcriptionele netwerken en nieuwe aspecten van de syntax en semantiek van de cis-regulatorische logica te ontrafelen. Gebruik makend van oogontwikkeling in de fruitvlieg Drosophila melanogaster en van recente technologische vooruitgang zowel in digitale genexpressie als in Drosophila genetica, tracchten we een compendium op te stellen van transcriptoom perturbaties doorheen de ontwikkeling van het oog. Vervolgens zullen we dit compendium in silico dissecteren om directe regulatorische interacties te voorspellen tussen transcriptiefactoren en doelgenen en zullen we de voorspellingen in vivo valideren door enhancer-reporter assays. Nieuwe methoden die in dit project gerealiseerd worden op een modelsysteem zullen een basis vormen voor de modellering en extrapolatie van regulatorische data, noodzakelijk om het humaan regulatorisch genoom te annoteren.

Trefwoorden:Drosophila, Transcriptional target identification, Genome regulatory networks, Cis-regulatory modules, Regulatory sequence analysis, Transcriptomics, Enhancer

Disciplines:Scientific computing, Bio-informatica en computationele biologie, Maatschappelijke gezondheidszorg, Publieke medische diensten, Genetica, Systeembiologie, Moleculaire en celbiologie, Dierkundige biologie