Inter- en intracommunautaire dynamiek van SARS-CoV-2- verspreiding door een combinatie van sequentiebepaling van het viraal genoom en fylodynamische analyse (Analysis)

Sinds de introductie van SARS-CoV-2, verspreidt het virus zich zeer
snel en heeft het wereldwijd ernstige respiratoire pathologie veroorzaakt. Het virus is afkomstig 
van een zoönotische overdracht van dier naar mens, waarbij waarschijnlijk een vleermuis of zelfs 
een schubdier het virus droeg en een mens infecteerde. Dit betekent dat het virus zich nog steeds 
aanpast aan zijn nieuwe gastheer, de mens. Dit wordt bijvoorbeeld geïllustreerd door een nog 
steeds suboptimale binding tussen de menselijke ACE2-receptor en het receptorbindende domein van 
het virale spike-eiwit. Deze evolutionaire druk veroorzaakt mutaties waardoor we de evolutie van 
het virus op de voet kunnen volgen. Onze onderzoeksvraag in dit
projectvoorstel is hoe dit nieuwe coronavirus zich verspreidt onder de bevolking zowel op 
'microniveau' (bijvoorbeeld in een school of hospitaal) als op 'macroniveau' (landelijk). We 
stellen voor om de ruimtelijke distributie van Belgische SARS-CoV-2-clusters te bestuderen door een 
combinatie van volledige sequentiebepaling en phylodynamische analyse. Dit om te beoordelen hoe de 
spatiotemporele distributie van deze clusters evolueerde van de lockdown tot de afgelopen 
zomerperiode. Bovendien willen we nieuwe positieve gevallen onderzoeken gedurende de komende 12 
maanden in een bijna 'real-time' manier om de evolutie van de circulatiedynamiek door de tijd te 
beschrijven en de impact van COVID19-metingen op ruimtelijke transmissie in de tijd te
beoordelen.