Identificatie van pan-kanker én tumor-specifieke methylatie biomerkers en de ontwikkeling van een bio-informatica infrastructuur voor een nieuwe methylatie gebaseerde detectietechnologie.

Elk jaar sterven wereldwijd gemiddeld 8,8 miljoen mensen aan de gevolgen van kanker. Deze cijfers wegen zwaar op de gezondheid van de globale populatie. Vroege detectie van kanker speelt een belangrijke rol in de verbetering van de prognose van deze patiënten. Vloeibare biopten hebben het potentieel om kanker in een vroege fase te detecteren en kunnen mogelijks de traditionele detectiemethoden vervangen. Momenteel ontbreken echter de biomerkers om deze vroege detectie via het bloed mogelijk te maken. Recente publicaties tonen aan dat het methyloom hierin een belangrijke rol zou kunnen spelen. Tot op heden is het methyloom in de context van kanker detectie te weinig bestudeerd. Onze onderszoeksgroep heeft preliminaire data die aantoont dat CpG methylatie gebruikt kan worden om kanker te detecteren en zelfs onderscheid kan maken tussen verschillende tumoren. Bovendien werken we aan een nieuwe technologie die parallele detectie van een groot aantal DNA methylatiemerkers mogelijk maakt. Het eerste doel van deze aanvraag is dan ook om genoomwijd op zoek te gaan naar de meest informatieve DNA methylatiemerkers in tumoren die nadien gebruikt kunnen worden in de nieuwe assay. Verder zal ik een bio-informatisch framework opstellen dat nodig is voor de data-analyse van deze technologie. In een laatste fase zullen zowel de nieuwe assay als de opgestelde computationele algoritmen gevalideerd worden in de context van vroegtijdige kankerdetectie gebruik makend van vloeibare biopten.

Trefwoorden:KANKER, BIO-INFORMATICA, BIOMERKERS

Disciplines:Epigenetica, Analyse van next-generation sequence data, Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Kankerdiagnose

Project type:Samenwerkingsproject