< Terug naar vorige pagina

Project

Het ontrafelen van de regulerende code die de vorming van neurale circuits dirigeert

Synapsen zijn de bouwstenen van neurale circuits die de overdracht van neuronale informatie mogelijk maken. In de afgelopen jaren zijn individuele genen geïdentificeerd die een sleutelrol spelen bij de vorming van synapsen, maar we begrijpen nog niet alles van dit proces. Ik stel voor dat een samenspel tussen genregulerende netwerken en cel-cel interacties de verschillende stadia van synapsvorming coördineert. Dit gebeurt vanaf initieel cel-celcontact tot en met de rijping en verfijning van synapsen. Om mijn hypothese te testen, zal ik me concentreren op de goed gekarakteriseerde hippocampale mosvezel (MF) synaps tussen de presynaptische dentate gyrus korrelcellen en postsynaptische Cornu Ammonis area 3 piramidale neuronen. Ik zal multi-omics- gegevens met hoge doorvoer integreren die verschillende ontwikkelingstijdstippen bestrijken. Eerst zal ik het netwerk reconstrueren door de toegankelijkheid van chromatine, evenals transcriptoom- en translatoominformatie te integreren, om inzicht te krijgen in hoe genregulatie de synapsvorming beïnvloedt. Ten tweede zal ik cel-celcommunicatie en het effect hiervan op intracellulaire signalering voorspellen en valideren. Ten slotte zal ik de hypothesen valideren door middel van CRISPR- gemedieerde knock-outs van kandidaat-regulatorgenen en transcriptoomanalyse. Deze multimodale atlas zal zowel onze kennis van de vorming van neurale circuits vergroten, evenals hoe de ontregeling van synaptische verbindingen kan leiden tot neuronale ziekten.

Datum:5 okt 2021 →  Heden
Trefwoorden:Single-cell data analysis, Developmental neuroscience, Computational transcriptomics and epigenomics, Bioinformatics, Synapse, Multi-omics
Disciplines:Analyse van next-generation sequence data, Computationele transcriptomics en epigenomics, Ontwikkelingsneurowetenschappen
Project type:PhD project