Het moleculaire landschap van zeldzame agressieve lymfomen

PTLD is een zeldzame maar levensbedreigende ziekte die kan optreden na orgaan- of stamceltransplantatie. Deze lymfeklieraandoening is gekarakteriseerd door een ongecontroleerde proliferatie van lymfocyten. Waarschijnlijk ligt de immunosuppressieve medicatie die gegeven wordt na transplantatie mee aan de oorzaak van de ontwikkeling ervan. Hoewel het geen voorwaarde is voor de diagnose van PTLD, speelt het Epstein Barr virus (EBV) een grote rol in de pathogenese van 66% van de gevallen. Om een beter inzicht te krijgen in de complexe genetische aberraties en om belangrijke regio's in het genoom te identificeren, voerden we next generation sequencing (NGS) uit op stalen van PTLD-patiënten. Gedurende de laatste 25 à 30 jaar zijn er meer dan 200 gevallen van PTLD gediagnosteerd in ons centrum. Hierdoor creëren we een opportuniteit voor verdere genomische studies. Klinische eigenschappen en gene expression profiling studies op een deel van deze stalen werden reeds uitgevoerd en gepubliceerd. Omdat we voorlopig nog geen duidelijk overzicht hebben op de rol van chromosomale aberraties en mutaties in PTLD, bepaalden we de sequentie van het hele genoom van 17 monomorfe (zowel EBV negatief als positief) diffuus grootcelling B-cel lymfomen na transplantatie met 50x dekking. Een gedetailleerde data-analyse zal ons inzciht geven in het spectrum van mutaties die voorkomen in deze stalen en zal ons ook de kans geven grote chromosomale aberraties zoals translocaties, duplicaties en deleties te detecteren.

(a) Indien puntmutaties veelvoorkomend zijn zullen we op meer stalen exome sequencing toepassen aangezien deze techniek zeer geschikt is voor het opsporen ervan

(b) Indien meer structurele variates voorkomen, zal low coverage genome sequencing toegepast worden om chromosomale herschikkingen op te sporen

(c) Om extra relevante genetische veranderingen te detecteren, kunnen we RNA sequencing uitvoeren. Hierdoor zijn we in staat mutaties, spicing varianten, fusie-transcripten en hemizygositeit simultaan te onderzoeken.

In een tweede stap proberen we de gevonden aberraties te valideren in een grotere groep van stalen. Hierbij maken we gebruik van targeted sequencing. Vervolgens bepalen we het belang van de gevonden aberraties op het gebied van diagnose, klassificatie, behandeling en prognose.

Tenslotte, kan de precieze functie van de genomische aberraties onderzocht worden door gebruik te maken van knock-down of overexpressie in cel- en xenograft modellen.

Samengevat zal deze analyse leiden tot (1) een verbeterd inzicht in de moleculaire en genetische pathogenese van deze aandoeningen, (2) ontwikkeling van gerichte behandelingen en (3) detectie van vroege diagnose en/of voorspellende biomerkers.