Evaluatie van virale evolutionaire hypothesen met behulp van Bayesian fylogenetische reconstructie en visualisatie.

In dit project, stel ik voor om grensverleggende Bayesiaanse fylogenetische reconstructie -en visualisatietechnieken te ontwikkelen om de fylodynamica van pathogenen te onderzoeken. Specifiek wil ik een model uitbreiden dat veranderingen in evolutieprocessen karakteriseert en de mogelijkheid tot het incorporeren van covariaten te implementeert. Ik zal een stochastische modelleringsaanpak met geassocieerde inferentie algoritmes ontwerpen om de variatie in natuurlijke selectie doorheen de evolutiegeschiedenis te detecteren. Beide procedures zullen geïmplementeerd worden in een aangepaste software pakket en ondersteund worden door massief parallelle berekeningen op gespecialiseerde toestellen. Tenslotte wil de visualisatie van evolutiegeschiedenissen doorheen de ruimte en tijd generaliseren tot eender welk kenmerk dat wordt geanalyseerd, en flexibele en interactieve visualisaties ondersteunen.