Een nieuwe rol voor Unipept: een framework voor comparatieve metaproteoomanalyses

Metaproteomics is een snelgroeiend veld dat kan gebruikt worden om de eiwitsamenstelling te bekijken van omgevingsstalen van bv. het menselijk maag- darmstelsel of afvalwater. Op basis van de eiwitfragmenten (peptiden) die in de stalen teruggevonden worden, kunnen we proberen te achterhalen van welke eiwitten de peptiden afkomstig zijn, welke (micro)organismen ze aangemaakt hebben en wat hun functie is. Op die manier kunnen we inzicht krijgen in de processen die zich afspelen in deze ecosystemen, verstoringen ontdekken en mogelijke oplossingen voor zo’n onbalans voorstellen.

Helaas loopt de beschikbare software om deze data te analyseren achter op de technische ontwikkelingen in het veld. Om dit te verhelpen ontwikkelden we Unipept, een gebruiksvriendelijke webapplicatie die onderzoekers toelaat om eenvoudig hun data te verkennen aan de hand van interactieve datavisualisaties. Oorspronkelijk waren we vooral geïnteresseerd in de biodiversiteit van stalen, maar de analyse van de functionele samenstelling won recent aan belang.

De analyses worden binnen Unipept per staal uitgevoerd, maar om het meeste uit de data te halen is het nodig om meerdere stalen met elkaar te vergelijken en verschuivingen in de samenstelling te detecteren. Dit projectvoorstel plant om dergelijke analyses toe te voegen in een gebruiksvriendelijke, maar statistisch correcte manier. Dit zal het mogelijk maken om bv. gezonde met zieke patiënten te vergelijken of om het effect van een ingreep te detecteren.