< Terug naar vorige pagina

Project

Een complete familie: karakterisatie van virussen uit zelden bemonsterde vertebraten groepen om de evolutionaire geschiedenis van RNA virus families te achterhalen.

RNA virussen hebben een grote impact op de menselijke gezondheid en de samenleving. Met name virussen die voorheen onbekend waren en die plots bij mensen opduiken vanuit een dierlijke bron, kunnen catastrofale gevolgen hebben voor de menselijke populatie. Virologen zijn zich er terdege van bewust dat het grootste deel van de virusdiversiteit die niet-menselijke dieren infecteert voor ons onbekend is, maar de omvang van de discrepantie tussen onze veronderstelde kennis over RNA-virusdiversiteit en wat er nog moet worden ontdekt, is recentelijk pijnlijk duidelijk geworden door de karakterisering van verwanten van bekende zoogdier- en menselijke virussen - zoals influenza, filovirussen, coronavirussen - in zeer verschillende vertebraten-groepen zoals reptielen en vissen. In dit doctoraatsproject, stel ik voor dat een doctoraatsstudent RNA-virussen zoekt in sequentiedatasets - zowel diegene die openbaar beschikbaar zijn als die we zelf genereren uit onze uitgebreide verzamelingen van vertebraten stalen. Om deze zoektocht efficiënt uit te voeren, zullen we gebruik maken van recente vorderingen in sequentietechnologieën om protocollen te optimaliseren voor objectieve detectie van diverse leden van belangrijke virusfamilies zoals Arenaviridae, Coronaviridae, Hantaviridae, Paramyxoviridae en Retroviridae, in gearchiveerde dierenspecimens. We willen aantonen dat (potentieel divergente) verwanten van bekende leden van deze veel voorkomende virusfamilies ook vertebraten fylogroepen infecteren die gewoonlijk worden verwaarloosd bij virussurveillance. Met behulp van de nieuwe genomische diversiteitsgegevens van vertebraten-virussen, willen we ons begrip van de evolutionaire geschiedenis van belangrijke virusfamilies bijwerken en de 'prisoner of war'-hypothese testen, namelijk dat virusevolutie over lange evolutionaire tijdschalen wordt gestuurd door adaptatie aan de gastheer, hetgeen uiteindelijk zou leiden tot beperking van de snelheid van virale evolutie door de snelheid van evolutie van hun gastheren. Ik verwacht dat uit dit doctoraatsproject vier manuscripten met een hoge impact komen, en dat het ons begrip van de drijvende krachten achter evolutionaire divergentie en adaptaties van RNA-virussen aanzienlijk zal verbeteren.
Datum:1 okt 2021 →  Heden
Trefwoorden:EVOLUTIE, FYLOGENITICA, VIROLOGIE, SEQUENTIEANALYSE
Disciplines:Moleculaire evolutie, Fylogenie en vergelijkende analyse, Populatie, ecologische en evolutionaire genetica, Infectieziekten, Virologie