< Terug naar vorige pagina

Project

Een bioinfomatica-toolbox voor de analyse en optimalisatie van een hoge-doorvoer diepe mutagenese scan: ontwikkeling en case-studie

Diep-Mutationele Scanning (DMS) is een recente karakterizatie- en functionele screenings-methode voor eiwitten, die hun bestudeerde eigenschap koppelt aan DNA-sequencing output. Dankzij next-generation sequencing is hun doorvoer ongeëvenaard door traditionele analyses op afzonderlijke eiwitvarianten, zoals two-hybrid screening. Ter verbetering van huidige implementaties hebben wij een nieuwe, kostenefficiënte DMS over de volledige lengte van in vivo humane eiwitten ontwikkeld, waarvan de eerste proefexperimenten reeds succesvol waren. Een eerste doel is de ontwikkeling en optimalisatie van een bioinformatica-pipeline ter analyse van de unieke verkregen data, die daarna gebruikt kan worden voor verdere experimentele optimalisatie. Daarna zullen we methodes ontwikkelen voor optimale verwerking en interpretatie van de resultaten, zoals het statistisch clusteren van relevante mutaties (i.e. met een invloed op de bestudeerde eigenschap) op het eiwit(oppervlak). Tenslotte zullen we als case-studie de impact van mutaties op in vivo eiwit-eiwit interacties (EEI) van drie kanker-drijver genen (TP53, PTEN, PIK3R1) karakteriseren met de nieuwe DMS. De vele publiek beschikbare omics-data omtrent kanker (bv. TCGA) kan gebruikt worden, niet enkel om de nieuwe DMS te valideren, maar ook om diens resultaten te gebruiken voor een ongeëvenaard diepgaande studie omtrent de rol van specifieke EEIs in kanker-gerelateerde pathways, tumorale genexpressieprofielen en kankerontwikkeling.

Datum:1 nov 2020  →  Heden
Trefwoorden:kanker, eiwit-eiwit interacties, high-throughput screening, structurele biologie, bio-informatica
Disciplines:Interactomics, Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Structurele bio-informatica en computationele proteomics, Bio-informatica, Kankerbiologie