In dit project trachten we een nieuwe techniek te ontwikkelen om transcriptionele doelgenen te identificeren voor kanker-gerelateerde transcriptiefactoren (TF).

In dit project trachten we een nieuwe techniek te ontwikkelen om transcriptionele doelgenen te identificeren voor kanker-gerelateerde transcriptiefactoren (TF). TFs vertegenwoordigen de sterkst aangerijkte functionele klasse van alle "kankergenen" (genen waarvoor mutaties direct geassocieerd zijn met kanker). Daarom is het van belang, voor alle kankertypes, om het gevolg van een somatische TF mutatie beter te begrijpen, namelijk de mis-regulatie van de expressie van haar doelgenen. De techniek die we zullen ontwikkelen, ChIP-STaR genoemd, combineert ChIP-Seq met een nieuwe hogedoorvoer "enhancer-reporter assay", gebruik makend van RNA reporters met barcodes, en gebruik makend van zowel "short-read" als "long-read" next-generation sequencing. ChIP-STaR zal toelaten om alle genomische regio's die door een TF worden gebonden te testen voor hun regulatorische activiteit en TF-afhankelijkheid, en zal de werkelijk positieve functionele doelgenen kunnen identificeren voor een te bestuderen TF.

Trefwoorden:ChIP-STaR, genome-wide identification, cancer-related transcription factors

Disciplines:Genetica, Systeembiologie, Moleculaire en celbiologie