De rol van 3D chromatine organisatie in resistentie tegen transcriptioneel herprogrammeren

Inzicht in waarom cellen resistent zijn tegen genexpressie veranderingen zijn essentieel om ziekteoorzaken beter te begrijpen en de ontwikkeling van doeltreffendere behandelingen. We hebben een mogelijke link geïdentificeerd tussen resistentie tegen transcriptioneel herprogrammeren en chromatine organisatie. We hypothetiseren dat genen met lage resistentie tegen herprogrammeren zich in gunstige 3D posities in de celkern bevinden, terwijl genen met hogere resistentie zich in afgesloten chromatine bevinden. Desalniettemin is verder onderzoek nodig om de rol van 3D chromatine organisatie in stabiliteit van geninactivatie en resistentie tegen transcriptioneel herprogrammeren na te gaan. We zullen Hi-C, een methode voor de ruimtelijke studie van chromatine, gebruiken om de link tussen resistentie tegen transcriptioneel herprogrammeren en genoomorganisatie na te gaan. We zullen dynamische veranderingen in chromatine topologie bestuderen tijdens het herprogrammeren naar geïnduceerde pluripotente stamcellen met single-cell Hi-C om de timing tussen de vorming van chromatine domeinen en transcriptionele activatie op te helderen. We zullen CRISPR/Cas9 genoombewerking combineren met genoom-wijde transcriptionele studies om het effect van chromatine organisatie aanpassingen op resistentie tegen transcriptioneel herprogrammeren na te gaan.  Het ophelderen van hoe chromatine organisatie genexpressie reguleert zal een grote impact hebben in studies i.v.m. cellulaire identiteit en ziekten.