< Terug naar vorige pagina
Project
De identificatie van copy number variaties die differentiatie van humane pluripotente stamcellen verhinderen. (FWOKN300)
Recent werd het bestaan van lage-graad mosaicisme in copy number variaties (CNVs) in humane pluripotente stamcellen (hPSC) aangetoond. Dit wil zeggen dat een significant percentage van de cellen in een cultuur een chromosomale afwijking vertonen, maar dat elke individuele afwijking slechts in zeer lage mate aanwezig is, vaak té laag om te kunnen gedetecteerd worden in bulk DNA van de volledige cultuur. Cellen met een CNV die een cultuurvoordeel oplevert nemen de cultuur over. Verschillende van dergelijke recurrente chromosomale afwijkingen werden reeds beschreven. Op het niveau van differentiatie is er echter weinig data beschikbaar.
In dit project willen we onderzoeken of na differentiatie van hPSC hetzelfde mosaicisme in CNVs bestaat in de gedifferentieerde populaties, of dat er eerder een bias ontstaat naar specificieke CNVs in cellen die correct differentieerden of faalden in differentiatie (residuele stamcllen, rSC) tijdens verschillende stadia in het protocol. In onze studie zullen we hepatocyte differentiatie gebruiken als model. We zullen correct gedifferentieerde hepatocyte-achtige cellen en rSCs isoleren en de genetische inhoud van individuele cellen uit deze twee populaties vergelijken met deze van de initiele ongedifferentieerde startpopulatie. Hiervoor zullen we high-throughput single cell shallow sequencing gebruiken. Dit zal ons toelaten om te evalueren of rSC het resultaat zijn van een specifieke subset van CNVs en om een panel CNVs te identificeren die mogelijk een veiligheidsrisico inhouden bij transplantatie.
In dit project willen we onderzoeken of na differentiatie van hPSC hetzelfde mosaicisme in CNVs bestaat in de gedifferentieerde populaties, of dat er eerder een bias ontstaat naar specificieke CNVs in cellen die correct differentieerden of faalden in differentiatie (residuele stamcllen, rSC) tijdens verschillende stadia in het protocol. In onze studie zullen we hepatocyte differentiatie gebruiken als model. We zullen correct gedifferentieerde hepatocyte-achtige cellen en rSCs isoleren en de genetische inhoud van individuele cellen uit deze twee populaties vergelijken met deze van de initiele ongedifferentieerde startpopulatie. Hiervoor zullen we high-throughput single cell shallow sequencing gebruiken. Dit zal ons toelaten om te evalueren of rSC het resultaat zijn van een specifieke subset van CNVs en om een panel CNVs te identificeren die mogelijk een veiligheidsrisico inhouden bij transplantatie.
Datum:1 jan 2018 → 31 dec 2018
Trefwoorden:genetica, reproductie, genoom
Disciplines:Klinische genetica en moleculaire diagnostiek