< Terug naar vorige pagina

Project

Computationele analyse van het effect van post-translationele modificaties op amyloïde interacties

Eiwit aggregatie is een gemeenschappelijk kenmerk van een groot aantal neurodegeneratieve aandoeningen, waaronder de ziektes van Alzheimer en Parkinson, maar het fenomeen komt ook voor in metabole ziektes en kanker. Aggregatie resulteert uit de zelf-assemblage van korte regios van hoofdzakelijk hydrofobe aminozuren (APRs genoemd) tot gestapelde beta-structuren die ook wel sterische ritsen worden genoemd. Het wordt duidelijk dat post-translationele modificaties (PTMs) eiwit aggregatie kunnen beinvloeden, en dat in beide richtingen, hoewel de exacte mechanismes niet opgeklaard zijn. In dit project zijn mijn doelstellingen om (1) een computationele analyse uit te voeren van het effect van PTMs op eiwit aggregatie, (2) een algoritme te ontwikkelen dat de effecten van PTMs correct kan voorspellen en (3) inzicht te verwerven in de impact van PTMs op eiwit aggregatie, zowel in menselijk ziekte als in eiwit biotechnologie. Voor dit doel zal ik in hoofdzaak gebruik maken van computationele technieken (multivariaat statistische analyse, machine learning, databank mining, evolutionaire analyses), maar ik zal ook experimenteel mijn resultaten valideren. Uiteindelijk hoop ik dat de voorgestelde aanpak en software kan gebruikt worden om de principes volgens dewelke PTMs eiwit aggregatie beinvloeden te ontrafelen. Dit kan leiden tot verbeteringen in de diagnose en therapie voor eiwit aggregatie ziektes.

Datum:2 okt 2019 →  2 okt 2023
Trefwoorden:Protein aggregation, Protein stability, Post-translational modifications
Disciplines:Ontwikkeling van bio-informatica software, tools en databases, Proteïnen
Project type:PhD project