Organisatie
Laboratorium voor Computationele Biologie (VIB-KU Leuven)
Division
Het onderzoek in het Laboratorium voor Computational Biology is gericht op gen- en genoom regulatie, met toepassingen in Drosophila en kanker, en op 'integrative genomics', de ontwikkeling van computationele methoden voor genomische data integratie en analyse van 'next-generation sequence data'.
Huidige onderzoekers
1 - 10 of 21 results
- Stein Aerts (Verantwoordelijke)
- Darina Abaffyová (Lid)
- Stein Aerts (Lid)
- Sara Aibar Santos (Lid)
- Cas Blaauw (Lid)
- Carmen Bravo González-Blas (Lid)
- Florian De Rop (Lid)
- Seppe De Winter (Lid)
- Hannah Dickmänken (Lid)
- Sam Dieltiens (Lid)
Projecten
1 - 10 of 64
- Genregulatie begrijpen in een heel dier: Van het bouwen van een regulatie-atlas tot het decoderen van genregulatie met deep learningVanaf10 jan 2024 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SpaceTimeOmics: combinatie van hogedoorvoer spatial omics met AI om generegulatie te modeleren in een organisme doorheen de tijdVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Interpretatie van genomische regulatorische variatie in de menselijke hersenen en de ziekte van Parkinson, door integratie van deep learning en single-cell multi-omicsVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- Deep learning gebaseerd synthetisch ontwerp en massaal parallelle reporterassays om celtype- specifieke enhancer te karakteriseren en te benuttenVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Enhancer-AI: AI-gestuurde modellering en ontwerp van celtype-specifieke versterkers voor gentherapieVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategisch Basisonderzoek (SBO)
- Deep learning oplossingen voor het ontcijferen van genregulatie in het menselijk breinVanaf7 mrt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- De rol van door smORF gecodeerde polypeptiden bij lagere bierfermentatieVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Toepassingen van deep learning voor kankergenomicaVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Evolutie van de genomische regulatorische code die ten grondslag ligt aan neuronale diversiteitVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SymBioSys: Analyse van de genomische heterogeneïteit via de computationele analyse van lange DNA fragmentenVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: BOF - projecten
Publicaties
41 - 50 van 177
- High accuracy mutation detection in leukemia on a selected panel of cancer genes(2012)
Auteurs: Zeynep Kalender Atak, Kim De Keersmaecker, Valentina Gianfelici, Ellen Geerdens, Daphnie Pauwels, Michaël Porcu, Anne Uyttebroeck, Peter Vandenberghe, Jan Cools, Stein Aerts
- A comprehensive inventory of TLX1 controlled long non-coding RNAs in T-cell acute lymphoblastic leukemia through polyA plus and total RNA sequencing(2018)
Auteurs: Simon Bornschein, Charles De Bock, Stein Aerts, Jan Cools
Pagina's: E585 - E589 - Epithelial-mesenchymal transition during invasion of cutaneous squamous cell carcinoma is paralleled by AKT activation(2014)
Auteurs: Kathleen Barrette, S Van Kelst, Jasper Wouters, Vivien Marasigan, Steffen Fieuws, Patrizia Agostinis, Joost van den Oord, Maria Garmyn
Pagina's: 1014 - 1021 - A Systems Map to Elucidate the Factors Influencing Vaccine Coverage(2019)
Auteurs: Florian De Rop, Jorge Ricardo Nova Blanco, Kaat Ramaekers, Corinne Vandermeulen
Pagina's: 115 - 150 - Keratin 19: a key role player in the invasion of human hepatocellular carcinomas(2014)
Auteurs: Olivier Govaere, MIna Komuta, Joost Berkers, Carl Janssen, Jasper Wouters, Chris Verslype, Baki Topal, Jacques Pirenne, Hugo Vankelecom, Frederik Nevens, et al.
Pagina's: 674 - 685 - Mitochondria metabolism sets the species-specific tempo of neuronal development(2023)
Auteurs: Ryohei Iwata, Pierre Casimir, Emir Erkol, Sofie Beckers, Anke Vandekeere, Pieter Vermeersch, Sebastien Carpentier, Kristofer Davie, Max Mazzone, Stein Aerts, et al.
Pagina's: 553 - + - The transcription factor Grainy head primes epithelial enhancers for spatiotemporal activation by displacing nucleosomes(2018)
Auteurs: Jelle Jacobs, Mardelle Atkins, Kristofer Davie, Hana Imrichova, Valerie Christiaens, Jasper Wouters, Ibrahim Ihsan Taskiran, Carmen Bravo González-Blas, Sara Aibar Santos, Georg Halder, et al.
Pagina's: 1011 - 1020 - Single-cell spatial multi-omics and deep learning dissect enhancer-driven gene regulatory networks in liver zonation(2024)
Auteurs: Roel Vandepoel, Valerie Christiaens, Jonas Demeulemeester, David Mauduit, Georg Halder, Stein Aerts
- Comparative analysis of antibody- and lipid-based multiplexing methods for single-cell RNA-seq(2022)
Auteurs: Isabelle Scheyltjens, Stein Aerts
- Tumor Vessel Normalization by Chloroquine Independent of Autophagy(2014)
Auteurs: Hannelore Maes, Anna Kuchnio, Aleksandar Peric, Stijn Moens, Kris Nys, Katrien De Bock, Annelies Quaegebeur, Sandra Schoors, Jasper Wouters, Hugo Vankelecom, et al.
Pagina's: 190 - 206