Organisatie
Laboratorium voor Computationele Biologie (VIB-KU Leuven)
Division
Het onderzoek in het Laboratorium voor Computational Biology is gericht op gen- en genoom regulatie, met toepassingen in Drosophila en kanker, en op 'integrative genomics', de ontwikkeling van computationele methoden voor genomische data integratie en analyse van 'next-generation sequence data'.
Huidige onderzoekers
1 - 10 of 21 results
- Stein Aerts (Verantwoordelijke)
- Darina Abaffyová (Lid)
- Stein Aerts (Lid)
- Sara Aibar Santos (Lid)
- Cas Blaauw (Lid)
- Carmen Bravo González-Blas (Lid)
- Florian De Rop (Lid)
- Seppe De Winter (Lid)
- Hannah Dickmänken (Lid)
- Sam Dieltiens (Lid)
Projecten
1 - 10 of 64
- Genregulatie begrijpen in een heel dier: Van het bouwen van een regulatie-atlas tot het decoderen van genregulatie met deep learningVanaf10 jan 2024 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SpaceTimeOmics: combinatie van hogedoorvoer spatial omics met AI om generegulatie te modeleren in een organisme doorheen de tijdVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Interpretatie van genomische regulatorische variatie in de menselijke hersenen en de ziekte van Parkinson, door integratie van deep learning en single-cell multi-omicsVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- Deep learning gebaseerd synthetisch ontwerp en massaal parallelle reporterassays om celtype- specifieke enhancer te karakteriseren en te benuttenVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Enhancer-AI: AI-gestuurde modellering en ontwerp van celtype-specifieke versterkers voor gentherapieVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategisch Basisonderzoek (SBO)
- Deep learning oplossingen voor het ontcijferen van genregulatie in het menselijk breinVanaf7 mrt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- De rol van door smORF gecodeerde polypeptiden bij lagere bierfermentatieVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Toepassingen van deep learning voor kankergenomicaVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Evolutie van de genomische regulatorische code die ten grondslag ligt aan neuronale diversiteitVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SymBioSys: Analyse van de genomische heterogeneïteit via de computationele analyse van lange DNA fragmentenVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: BOF - projecten
Publicaties
11 - 20 van 177
- Identification of genomic enhancers through spatial integration of single-cell transcriptomics and epigenomics(2020)
Auteurs: Ibrahim Ihsan Taskiran, Kristofer Davie, Valerie Christiaens, David Mauduit, Stein Aerts
- Discovery of Transcription Factors and Regulatory Regions Driving In Vivo Tumor Development by ATAC-seq and FAIRE-seq Open Chromatin Profiling(2015)
Auteurs: Kristofer Davie, Jelle Jacobs, Mardelle Atkins, Delphine Potier, Valerie Christiaens, Georg Halder, Stein Aerts
Pagina's: e1004994 - Conserved Transcription Factors Steer Growth-Related Genomic Programs in Daphnia(2017)
Auteurs: Katina Spanier, Mieke Jansen, Ellen Decaestecker, Luc De Meester, Stein Aerts
Pagina's: 1821 - 1842 - Identification of Novel Direct Targets of Drosophila Sine Oculis by Integration of Genome-wide Data Sets(2016)
Auteurs: Stein Aerts
Pagina's: 157 - 167 - Comprehensive analysis of transcriptome variation uncovers known and novel driver events in T-cell acute lymphoblastic leukemia(2013)
Auteurs: Zeynep Kalender Atak, Kim De Keersmaecker, Ellen Geerdens, Anne Uyttebroeck, Peter Vandenberghe, Jan Cools, Stein Aerts
- 14q32 rearrangements deregulating BCL11B mark a distinct subgroup of T-lymphoid and myeloid immature acute leukemia(2021)
Auteurs: Kim De Keersmaecker, Peter Vandenberghe, Stein Aerts, Jan Cools
Pagina's: 773 - 784 - A Functional In Situ Approach to TILs in Melanoma: A Critique on the Current Morphological Classification(2016)
Auteurs: Francesca Bosisio, Jasper Wouters, Nathalie Polders, Marguerite Stas, Joost van den Oord
Pagina's: 126A - 126A - Reduced Levels of Misfolded and Aggregated Mutant p53 by Proteostatic Activation(2023)
Auteurs: Filip Claes, Rob van der Kant, Mark Fiers, Stein Aerts, Frederic Rousseau, Joost Schymkowitz, Frederik De Smet
- Antitumor Immunity Triggered by Melphalan Is Potentiated by Melanoma Cell Surface-Associated Calreticulin(2015)
Auteurs: Aleksandra DUDEK-PERIC, Gabriela Bomfim Ferreira, Angelika Muchowicz, Jasper Wouters, Nicole Prada, Shaun Martin, Santeri Kiviluoto, Magdalena Winiarska, Louis Boon, Chantal Mathieu, et al.
Pagina's: 1603 - 1614 - Directed migration of cortical interneurons depends on the cell-autonomous action of sip1(2013)
Auteurs: Veronique van den Berghe, Elke Stappers, Andrea Conidi, Flore Lesage, Ruben Dries, Pierre Vanderhaeghen, Stein Aerts, Danny Huylebroeck, Eve Seuntjens
Pagina's: 70 - 82