Organisatie
Laboratorium voor Computationele Biologie (VIB-KU Leuven)
Division
Het onderzoek in het Laboratorium voor Computational Biology is gericht op gen- en genoom regulatie, met toepassingen in Drosophila en kanker, en op 'integrative genomics', de ontwikkeling van computationele methoden voor genomische data integratie en analyse van 'next-generation sequence data'.
Huidige onderzoekers
1 - 10 of 21 results
- Stein Aerts (Verantwoordelijke)
- Darina Abaffyová (Lid)
- Stein Aerts (Lid)
- Sara Aibar Santos (Lid)
- Cas Blaauw (Lid)
- Carmen Bravo González-Blas (Lid)
- Florian De Rop (Lid)
- Seppe De Winter (Lid)
- Hannah Dickmänken (Lid)
- Sam Dieltiens (Lid)
Projecten
1 - 10 of 64
- Genregulatie begrijpen in een heel dier: Van het bouwen van een regulatie-atlas tot het decoderen van genregulatie met deep learningVanaf10 jan 2024 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SpaceTimeOmics: combinatie van hogedoorvoer spatial omics met AI om generegulatie te modeleren in een organisme doorheen de tijdVanaf1 jan 2024 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Interpretatie van genomische regulatorische variatie in de menselijke hersenen en de ziekte van Parkinson, door integratie van deep learning en single-cell multi-omicsVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO junior postdoctoraal mandaat
- Deep learning gebaseerd synthetisch ontwerp en massaal parallelle reporterassays om celtype- specifieke enhancer te karakteriseren en te benuttenVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Enhancer-AI: AI-gestuurde modellering en ontwerp van celtype-specifieke versterkers voor gentherapieVanaf1 okt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategisch Basisonderzoek (SBO)
- Deep learning oplossingen voor het ontcijferen van genregulatie in het menselijk breinVanaf7 mrt 2023 → HedenFinanciering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- De rol van door smORF gecodeerde polypeptiden bij lagere bierfermentatieVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: FWO Onderzoeksproject (incl. WEAVE projecten)
- Toepassingen van deep learning voor kankergenomicaVanaf1 jan 2023 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- Evolutie van de genomische regulatorische code die ten grondslag ligt aan neuronale diversiteitVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: Eigen Middelen zoals patrimonium, inschrijvingsgelden, giften, ....
- SymBioSys: Analyse van de genomische heterogeneïteit via de computationele analyse van lange DNA fragmentenVanaf1 okt 2022 → HedenFinanciering: BOF - projecten
Publicaties
1 - 10 van 177
- Identification of Circulating Fibrocytes and Dendritic Derivatives in Corneal Endothelium of Patients With Fuchs' Dystrophy(2017)
Auteurs: An-Katrien De Roo, Jasper Wouters, Olivier Govaere, Beatrijs Foets, Joost van den Oord
Pagina's: 670 - 681 - CNKSR1 gene defect can cause syndromic autosomal recessive intellectual disability.(2018)
Auteurs: Ibrahim Ihsan Taskiran
Pagina's: 691 - 699 - Recurrent rearrangements of FOS and FOSB define osteoblastoma(2018)
Auteurs: Annelien Verfaillie, Jonas Demeulemeester, Peter Van Loo
- Gene losses in the common vampire bat illuminate molecular adaptations to blood feeding(2022)
Auteurs: Nikolai Hecker
- iRegulon: From a Gene List to a Gene Regulatory Network Using Large Motif and Track Collections(2014)
Auteurs: Annelien Verfaillie, Hana Imrichova, Bram Van de Sande, Laura Standaert, Marina Naval Sanchez, Delphine Potier, Dmitry Svetlichnyy, Zeynep Kalender Atak, Mark Fiers, Chris Marine, et al.
- Male-Specific Fruitless Isoforms Target Neurodevelopmental Genes to Specify a Sexually Dimorphic Nervous System(2014)
Auteurs: Bram Van de Sande, Stein Aerts
Pagina's: 229 - 241 - Decoding the regulatory landscape of melanoma reveals TEADS as regulators of the invasive cell state(2015)
Auteurs: Annelien Verfaillie, Hana Imrichova, Zeynep Kalender Atak, Michael Dewaele, Valerie Christiaens, Dmitry Svetlichnyy, Flavie Luciani, Laura Van den Mooter, Sofie Claerhout, Mark Fiers, et al.
- EXPLORING THE CODE OF LIFE: FROM DECODING TO DESIGNING CELL TYPE-SPECIFIC ENHANCERS WITH DEEP LEARNING(2023)
Auteurs: Ibrahim Ihsan Taskiran, Stein Aerts
- Adult interfollicular tumour-initiating cells are reprogrammed into an embryonic hair follicle progenitor-like fate during basal cell carcinoma initiation(2012)
Auteurs: Bram Van de Sande, Stein Aerts
Pagina's: 1282 - 1294 - Sequencing the regulatory genome(2008)
Auteurs: Stein Aerts