Onderzoeker
Yvan Saeys
- Trefwoorden (Ghent University):single cell bioinformatics, machine learning
- Disciplines (Flanders Institute for Biotechnology):Analyse van next-generation sequence data, Adaptieve immunologie, Bacteriologie
- Disciplines (Ghent University):Machine learning en besluitvorming, Gezondheidsinformatica, Single-cell data analyse, Datamining, Computationele biomodellering en machine learning, Bioinformatica, Computerwetenschappen
- Zie ook: Yvan Saeys (Vlaams Instituut voor Biotechnologie)
Affiliaties
- Vakgroep Toegepaste Wiskunde, Informatica en Statistiek (Departement)
Lid
Vanaf1 feb 2017 → Heden - Saeys Lab (Onderzoeksgroep)
Verantwoordelijke
Vanaf1 jan 2017 → Heden - Vakgroep Inwendige ziekten (Departement)
Lid
Vanaf1 okt 2013 → 31 jan 2017 - Vakgroep Plantenbiotechnologie en Bio-informatica (Departement)
Lid
Vanaf15 jan 2001 → 30 sep 2013
Projecten
11 - 20 of 38
- Betere inzichten in de spatiale organizatie van weefsels met behulp van machine learning en spatial transcriptomicsVanaf1 nov 2020 → 31 okt 2021Financiering: BOF - doctorale mandaten
- ‘Immunodeficiënties ten gevolge van IKAROS mutaties in het felle zonlicht’,
een gedetailleerde studie die het genetische en immunologische spectrum van IKAROS-gemedieerde immuunstoornissen in kaart brengt.Vanaf1 nov 2020 → 13 aug 2023Financiering: FWO mandaten
- Een kwantitatieve vergelijking van deep learning technieken voor exploratieve en gesuperviseerde analyse van hoog-dimensionale cytometrie-dataVanaf1 nov 2020 → 31 okt 2022Financiering: FWO Strategische Onderzoeksbeurs
- Op iPSC gebaseerde parenchymale en sinusoïdale levercel-nabootsingen voor DILI- en NAFLD-onderzoeken (iPSC-LiMic)Vanaf1 okt 2020 → HedenFinanciering: FWO Strategisch Basisonderzoek (SBO)
- De BD FACS Symphony FACS cell sorter : de meest geavanceerde multiparameter fluorescentie geactiveerde cell sorter die de indetificatie en purificatie van zeldzame cellen toelaat voor verdere functionele characterisatieVanaf1 mei 2020 → HedenFinanciering: FWO Middelzware apparatuur
- CONDITIONAL: COvid-19: iNteractie tussen genetische preDispositie en immunologisch fenotypeVanaf15 apr 2020 → 14 apr 2021Financiering: BOF - projecten
- Covid-Track: toepassing van kwantitatieve virologie en single cell genomics om de interacties tussen virus en gastheer te ontrafelen die leiden tot ernstige immunologisch gemedieerde ziekte bij COVID-19-patiëntenVanaf15 apr 2020 → 14 apr 2021Financiering: BOF - projecten
- Een benchmark-gebaseerde kwantificatie van de interpretabiliteit van neurale netwerk gebaseerde methodenVanaf1 jan 2020 → 31 dec 2023Financiering: BOF - doctorale mandaten
- Digitale innovatie voor mens en samenlevingVanaf1 jan 2020 → HedenFinanciering: BOF - onderzoeksorganisaties
- De ontwikkeling van een humaan pluripotent stamcel-gebaseerd differentiatiemodel om de normale en getransformeerde sympathoadrenale progenitors te bestuderen.Vanaf1 nov 2019 → 31 okt 2023Financiering: FWO mandaten
Publicaties
1 - 10 van 226
- An introduction to adversarially robust deep learning(2024)
Auteurs: Jonathan Peck, Bart Goossens, Yvan Saeys
Pagina's: 2071 - 2090 - Dysregulation of developmental and cell type-specific expression of glycoconjugates on hematopoietic cells : a new characteristic of myelodysplastic neoplasms (MDS)(2023)
Auteurs: Margot F. van Spronsen, Sophie Horrevorts, Claudia Cali, Theresia M. Westers, Sofie Van Gassen, Yvan Saeys, Sandra J. van Vliet, Yvette van Kooyk, Arjan A. van de Loosdrecht
Pagina's: 702 - 707 - Ferroptosis and pyroptosis signatures in critical COVID-19 patients(2023)
Auteurs: Cédric Peleman, Samya Van Coillie, Symen Ligthart, Jan De Waele, Pieter Depuydt, Dominique Benoit, Hannah Schaubroeck, Sven M. Francque, Karolien Dams, Rita Jacobs, et al.
Pagina's: 2066 - 2077 - Adjuvant dendritic cell-based immunotherapy after cytoreductive surgery and hyperthermic intraperitoneal chemotherapy in patients with malignant peritoneal mesothelioma : a phase II clinical trial(2023)
Auteurs: Michelle Dietz, Katrien Quintelier, Job P. van Kooten, Nadine L. de Boer, Madelief Vink, Alexandra R. M. Brandt-Kerkhof, Cornelis Verhoef, Yvan Saeys, Joachim G. J. V. Aerts, Marcella Willemsen, et al.
- Gut inflammation in axial spondyloarthritis patients is characterized by a marked type 17 skewed mucosal innate‐like T cell signature(2023)
Auteurs: Céline Mortier, Katrien Quintelier, Ann-Sophie De Craemer, Thomas Renson, Liselotte Deroo, Emilie Dumas, Eveline Verheugen, Julie Coudenys, Tine Decruy, Zuzanna Łukasik, et al.
Pagina's: 1969 - 1982 - Sodium perturbs mitochondrial respiration and induces dysfunctional Tregs(2023)
Auteurs: Beatriz F. Côrte-Real, Ibrahim Hamad, Rebeca Arroyo Hornero, Sabrina Geisberger, Joris Roels, Lauren Van Zeebroeck, Aleksandra Dyczko, Marike W. van Gisbergen, Henry Kurniawan, Allon Wagner, et al.
Pagina's: 299 - 315 - Meta-analysis of (single-cell method) benchmarks reveals the need for extensibility and interoperability(2023)
Auteurs: Anthony Sonrel, Almut Luetge, Charlotte Soneson, Izaskun Mallona, Pierre-Luc Germain, Sergey Knyazev, Jeroen Gilis, Reto Gerber, Ruth Seurinck, Dominique Paul, et al.
- Machine learning pipeline for predicting bone marrow edema along the sacroiliac joints on magnetic resonance imaging(2023)
Auteurs: Joris Roels, Ann-Sophie De Craemer, Thomas Renson, Manouk de Hooge, Arne Gevaert, Thomas Van Den Berghe, Lennart Jans, Nele Herregods, Philippe Carron, Filip Van den Bosch, et al.
Pagina's: 2169 - 2177 - A redundant transcription factor network steers spatiotemporal Arabidopsis triterpene synthesis(2023)
Auteurs: Trang Hieu Nguyen, Louis Thiers, Alex Van Moerkercke, Yuechen Bai, Patricia Fernandez Calvo, Max Minne, Thomas Depuydt, Maite Colinas Martinez, Kevin Verstaen, Gert Van Isterdael, et al.
Pagina's: 926 - 937 - Cell type-specific attenuation of brassinosteroid signaling precedes stomatal asymmetric cell division(2023)
Auteurs: Kim Eunji, Cheng Zhang, Boyu Guo, Thomas Eekhout, Anaxi Houbaert, Jos Wendrich, Niels Vandamme, Manish Tiwari, Claire Simon--Vezo, Isabelle Vanhoutte, et al.